<div dir="ltr">Hi Roger,<div><br></div><div>I'm new to using Fiji and coding. Can you briefly tell me what I need to do exactly in Fiji to be able to read my file with the solution. My guess is I need to append the provided code into my current Bioformat plugins but I don't know how to access the Bioformat code in window8. </div><div><br></div><div>Thank you for your help</div><div><br></div><div>mai</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 13, 2015 at 3:42 AM, Roger Leigh <span dir="ltr"><<a href="mailto:rleigh@dundee.ac.uk" target="_blank">rleigh@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 10/04/15 17:53, Mai Tran wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Roger,<br>
<br>
I've tried to disable SCIFIO and when open the lif file I got this (I<br>
think it's the same error). I forgot to mention before, I've tried on<br>
both Mac and PC Fiji<br>
<br>
java.lang.<u></u>NumberFormatException: empty String<br>
at sun.misc.FloatingDecimal.<u></u>readJavaFormatString(<u></u>FloatingDecimal.java:992)<br>
at java.lang.Double.valueOf(<u></u>Double.java:475)<br>
at java.lang.Double.<init>(<u></u>Double.java:567)<br>
at loci.formats.in.LIFReader.<u></u>translateFilterSettings(<u></u>LIFReader.java:1495)<br>
at loci.formats.in.LIFReader.<u></u>translateMetadata(LIFReader.<u></u>java:1006)<br>
at loci.formats.in.LIFReader.<u></u>initMetadata(LIFReader.java:<u></u>511)<br>
at loci.formats.in.LIFReader.<u></u>initFile(LIFReader.java:453)<br>
at loci.formats.FormatReader.<u></u>setId(FormatReader.java:1317)<br>
         ...<br>
I've uploaded file to the link provided. Please let me know if that did<br>
not get uploaded properly.<br>
</blockquote>
<br></span>
Yes, this uploaded correctly, thanks.  I have taken a look and found a<br>
problem in the parsing of the Objective NA.  A PR to fix this is open here:<br>
<br>
  <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1728" target="_blank">https://github.com/<u></u>openmicroscopy/bioformats/<u></u>pull/1728</a><br>
<br>
If this considered acceptable for merging, this should be in the 5.1.1<br>
point release.<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
Kind regards,<br>
Roger<br>
<br>
--<br>
Dr Roger Leigh -- Open Microscopy Environment<br>
Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,<br>
College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,<br>
Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364<br>
<br>
The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<u></u>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<u></u>org.uk/mailman/listinfo/ome-<u></u>users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>