<div dir="ltr">Hello Sebastien,<div><br></div><div>Thank you your your reply. I think it is working. Now, I want to use BIO to get a WSI ( whole slide image) image. But as the WSI is to large more than 2 GB. I can't use bfopen to open it. Melissa told me a could use bfGetPlane to get the image. But it extract image is 1-by-1  pixel. But some time, we need and thumb image of whole image. Do you know how to extract a 1-by-N image? That means, Extract the whole image (with size 10000x10000), but only display and save in 100x100 size. Thank you.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Qi </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 6, 2015 at 3:26 PM, Sebastien Besson <span dir="ltr"><<a href="mailto:seb.besson@gmail.com" target="_blank">seb.besson@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Qi,<div><br></div><div>the content of your java.opts looks valid (although you might want to increase the</div><div>memory settings later). According to the MATLAB documentation, e.g.</div><div><a href="http://uk.mathworks.com/help/matlab/matlab_env/java-opts-file.html?refresh=true" target="_blank">http://uk.mathworks.com/help/matlab/matlab_env/java-opts-file.html?refresh=true</a></div><div>you need to put this file either in the MATLAB startup folder or under the `bin\arch` folder</div><div>under the MATLAB root path. Locally, I have a `java.opts` under `~/Documents/MATLAB` for</div><div>instance.</div><div><br></div><div>Can you try either of these options and check the output of the following command</div><div>>> java.lang.Runtime.getRuntime().maxMemory</div><div>reflects what it in your java.opts</div><div><br></div><div><br></div><div>Sebastien</div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 6 Apr 2015, at 19:53, Qi Gong <<a href="mailto:qigong@gwmail.gwu.edu" target="_blank">qigong@gwmail.gwu.edu</a>> wrote:</div><br></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>Sorry for bother. I try to use <span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><span style="font-size:12.8000001907349px">Matlab version of Bio-Formats. But I face the memory problem, I know, we could add a time named java.opts to solve the problem.  </span></div><div><br></div><div>I put the file the java.opts into matlab folder as attachment. But matlab still shows the warning. Could anyone help me check whether my java.opts is correct or not? Thank you.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Qi</div></div><div class="gmail_extra"><div><br><div class="gmail_quote"><br></div></div></div></div>
</div>
</div></div><span><matlab folder.png></span><span><memory warning.png></span><span><java.opts></span>_______________________________________________<span class=""><br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></span></div></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">mobile phone: 2024060862</div>
</div>