<div dir="ltr">Hi Sebastian,<div><br></div><div><div>> the dimension order specifies the order in which images are returned,</div><div>> not necessarily the order in which they were acquired.</div></div><div><br></div><div>Indeed, although the two match extremely often, since the original idea in BF was that the dimension order reflects the order of the planes within the dataset on disk (on a best effort basis -- e.g., dimension orders that do not start with XY were never supported). Optionally, the DimensionSwapper can be used to reorder things to a more desirable ordering, if needed -- both for "input dimension order" if BF's detected dimension order is wrong, and for "output dimension order" if the planes' dim coordinates are right but you want the 1-dimensional rasterization order to be different.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 16, 2015 at 11:03 AM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Sebi,<br>
<div><div class="h5"><br>
> I think you can ignore my last mail on the dimension order problem for now,<br>
> since this was misconception on my side ...<br>
><br>
><br>
> Just to be sure, the dimensio order XYCZT, has nothing to do with the order<br>
> of the actual acquistion order (1st - Channel, 2nd - Z and 3rd Time right?<br>
<br>
</div></div>That's correct - the dimension order specifies the order in which images<br>
are returned, not necessarily the order in which they were acquired.<br>
For .czi datasets, the dimension order is always XYCZT (for convenience,<br>
since images can be stored in any order within the file), which<br>
corresponds to channels first, then Z sections, then timepoints.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, Mar 16, 2015 at 01:58:10PM +0100, Sebastian Rhode wrote:<br>
> Hi guys,<br>
><br>
> I think you can ignore my last mail on the dimension order problem for now,<br>
> since this was misconception on my side ...<br>
><br>
><br>
> Just to be sure, the dimensio order XYCZT, has nothing to do with the order<br>
> of the actual acquistion order (1st - Channel, 2nd - Z and 3rd Time right?<br>
><br>
><br>
> Sebi<br>
<br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>