<div dir="ltr">Hi guys,<div><br></div><div>I think you can ignore my last mail on the dimension order problem for now, since this was misconception on my side ...</div><div><br></div><div>Sebi</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-03-11 10:43 GMT+01:00 Sebastian Rhode <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebrhode@gmail.com" target="_blank">sebrhode@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>here you can find 2 CZI sample data sets:</div><div><br></div><div><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/XYCZT_CH%3D2_Z%3D5_All_CH_per_Slice.czi" target="_blank">https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/XYCZT_CH%3D2_Z%3D5_All_CH_per_Slice.czi</a><br></div><div><br></div><div><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/XYZCT_Z%3D5_CH%3D2_Z%3D5_FullStack_per_CH.czi" target="_blank">https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/XYZCT_Z%3D5_CH%3D2_Z%3D5_FullStack_per_CH.czi</a><br></div><div><br></div><div>The 1st CZI file was acquired with the option "All Channels per Slice" --> XYCZT</div><div><br></div><div>The 2nd  CZI file was acquired with the option "Full Stack per Channel" --> XYZCT</div><div><br></div><div><b>When I open both files via BioFormats the original Metadata show:</b></div><div><b><br></b></div><div><b>"All Channel per Slice" --> DimensenOrder = XYCZT -- > OK</b></div><div><b>"Full Stack per Channel" --> DimensionOrder = XYCZT --> NOK</b></div><div><b><br></b></div><div>The DimensionOrder seems to be always XYCZT, no matter what it actaully was.</div><div><br></div><div>Inside the CZI File the "officail" dimension order is:</div><div><br></div><div>"All Channel per Slice" --> <b>BTCZYX0</b> --> corresponds to XYZCT</div><div>"Full Stack per Channel" --> <b>BTCZYX0</b> --> corresponds to XYZCT</div><div><br></div><div>Would be nice to get this fixed soon ...</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Sebi</div><div><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div><div><br></div>
</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Dr. Sebastian Rhode<br>Grünwalder Straße 103a<br>81547 München<br>Tel: +49 89 4703091<br>Mobil: +49 151 40767993<br><a href="mailto:sebrhode@gmail.com" target="_blank">sebrhode@gmail.com</a><br></div>
</div>