<div dir="ltr"><div><div><div>Hello,<br></div>i receive a lot of email from you .<br></div>please be sure that you send them at the correspond contact.<br></div>thank you<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-01-22 15:44 GMT+01:00 Mario Emmenlauer <span dir="ltr"><<a href="mailto:mario@emmenlauer.de" target="_blank">mario@emmenlauer.de</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi Melissa,<br>
<br>
On 21.01.2015 23:31, Melissa Linkert wrote:<br>
> Hi Mario,<br>
><br>
>> attached is an image from MetaXpress, where I try to read all<br>
>> available meta data. However there are some values that seem not<br>
>> to make sense, can you please help if there is a bug, or if the<br>
>> values are indeed correct, or possibly if the issue is in Meta-<br>
>> Xpress that stores weired values? Examples are:<br>
>>     Channel #0 Laser focus score    8.2890462076516E-310<br>
>>     Channel #0 Camera Bit Depth     8.289046E-317<br>
><br>
> Thank you for the bug report - this is indeed a bug in Bio-Formats.  We<br>
> have a fix under review now:<br>
><br>
> <a href="http://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1537" target="_blank">http://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1537</a><br>
><br>
> I would expect that to be included in the upcoming 5.0.7 and 5.1.0<br>
> releases.<br>
<br>
Thanks for the very quick fix, its appreciated! I'll wait for the<br>
5.0.7 or 5.1.0 releases to check the result.<br>
<br>
All the best,<br>
<br>
    Mario<br>
<br>
<br>
<br>
> Regards,<br>
> -Melissa<br>
><br>
> On Wed, Jan 21, 2015 at 08:52:41PM +0100, Mario Emmenlauer wrote:<br>
>><br>
>> Dear Bio-Formats developers,<br>
>><br>
>> attached is an image from MetaXpress, where I try to read all<br>
>> available meta data. However there are some values that seem not<br>
>> to make sense, can you please help if there is a bug, or if the<br>
>> values are indeed correct, or possibly if the issue is in Meta-<br>
>> Xpress that stores weired values? Examples are:<br>
>>     Channel #0 Laser focus score    8.2890462076516E-310<br>
>>     Channel #0 Camera Bit Depth     8.289046E-317<br>
>><br>
>> These (and some others) seem not to make sense(?) Attached is<br>
>> also the meta data that I can extract with Bio-Formats from the<br>
>> latest Fiji, I believe version Bio-Formats 5.0.6.<br>
>><br>
>> All the best,<br>
>><br>
>>      Mario<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Mario Emmenlauer BioDataAnalysis             Mobil: +49-(0)151-68108489<br>
>> Balanstrasse 43                    mailto: mario.emmenlauer * <a href="http://unibas.ch" target="_blank">unibas.ch</a><br>
>> D-81669 München                          <a href="http://www.marioemmenlauer.de/" target="_blank">http://www.marioemmenlauer.de/</a><br>
><br>
><br>
>> Key  Value<br>
>>  BitsPerPixel        16<br>
>>  DimensionOrder      XYCZT<br>
>>  IsInterleaved       false<br>
>>  IsRGB       false<br>
>>  LittleEndian        true<br>
>>  PixelType   uint16<br>
>>  Series 0 Name<br>
>>  SizeC       1<br>
>>  SizeT       1<br>
>>  SizeX       1392<br>
>>  SizeY       1040<br>
>>  SizeZ       1<br>
>> AbsoluteZ    2096309<br>
>> AbsoluteZValid       0<br>
>> AutoScale    1<br>
>> AutoScaleHiInfo      0/1<br>
>> AutoScaleLoInfo      0/1<br>
>> Binning      1 x 1<br>
>> BitsPerSample        16<br>
>> CalibrationUnits     ume<br>
>> Camera Shutter       Always Open<br>
>> CameraBin    1x1<br>
>> CameraChipOffset     2096260<br>
>> Channel #0 Camera Bit Depth  8.289046E-317<br>
>> Channel #0 ImageXpress Micro Filter Cube     Cy5<br>
>> Channel #0 ImageXpress Micro Objective       10X S Fluor<br>
>> Channel #0 ImageXpress Micro Shutter Open<br>
>> Channel #0 Laser focus score 8.2890462076516E-310<br>
>> Channel #0 Lumencor Blue Intensity   8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor Blue Shutter     Closed<br>
>> Channel #0 Lumencor Cyan Intensity   8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor Cyan Shutter     Closed<br>
>> Channel #0 Lumencor Green/Yellow Intensity   8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor Green/Yellow Shutter     Closed<br>
>> Channel #0 Lumencor Red Intensity    8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor Red Shutter      Closed<br>
>> Channel #0 Lumencor Teal Intensity   8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor Teal Shutter     Closed<br>
>> Channel #0 Lumencor UV Intensity     8.289046E-317<br>
>> Channel #0 Lumencor UV Shutter       Closed<br>
>> Channel #0 _IllumSetting_    Cy5<br>
>> Channel #0 _MagNA_   8.28904606E-316<br>
>> Channel #0 _MagRI_   8.289046E-317<br>
>> Channel #0 _MagSetting_      10X S Fluor<br>
>> Clear Count  2<br>
>> Clear Mode   CLEAR PRE SEQUENCE<br>
>> Compression  LZW<br>
>> DateTime     19/03/2014 12:59:47:667<br>
>> Digitizer    20 MHz<br>
>> Exposure     100 ms<br>
>> FillOrder    Pixels with lower column values are stored in the higher order bits of a byte<br>
>> Frames to Average    1<br>
>> Gain Gain 1 (1x)<br>
>> Gamma        2096317<br>
>> ImageLength  1040<br>
>> ImageWidth   1392<br>
>> LastSavedTime        19/03/2014 12:59:47:790<br>
>> Location     /tmp/b0BCDSL-T070_wD07_s4_z0_t1_cCy5_u001.tif<br>
>> MaxScale     4095<br>
>> MetaDataPhotometricInterpretation    Monochrome<br>
>> MinScale     194<br>
>> Name Cy5<br>
>> NewLUT       8<br>
>> NewSubfileType       0<br>
>> NumberOfChannels     1<br>
>> PhotometricInterpretation    BlackIsZero<br>
>> PlanarConfiguration  Chunky<br>
>> PlaneProperty        2097094<br>
>> Predictor    Horizontal differencing<br>
>> Region       1392 x 1040, offset at (0, 0)<br>
>> ResolutionUnit       Inch<br>
>> SamplesPerPixel      1<br>
>> Shading      Off<br>
>> Software     MetaMorph 3.1.0.79<br>
>> Spatial Calibration  on<br>
>> StagePosition        2096244<br>
>> StandardLUT  monochrome<br>
>> Subtract     Off<br>
>> Temperature  -29.85<br>
>> ThreshState  off<br>
>> ThreshStateBlue      64<br>
>> ThreshStateGreen     128<br>
>> ThreshStateHi        65535<br>
>> ThreshStateLo        0<br>
>> ThreshStateRed       255<br>
>> Trigger Mode Normal (TIMED)<br>
>> Wavelength   692<br>
>> XCalibration 645/1000<br>
>> XResolution  72<br>
>> YCalibration 645/1000<br>
>> YResolution  72<br>
>> Zoom 35<br>
>> grayFit      4<br>
>> grayMax      -1/1<br>
>> grayMin      -1/1<br>
>> grayPointCount       0<br>
>> grayX        -1/1<br>
>> grayY        -1/1<br>
><br>
>> _______________________________________________<br>
>> ome-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
><br>
><br>
<br>
--<br>
A: Yes.<br>
> Q: Are you sure?<br>
>> A: Because it reverses the logical flow of conversation.<br>
>>> Q: Why is top posting annoying in email?<br>
<br>
Mario Emmenlauer BioDataAnalysis             Mobil: <a href="tel:%2B49-%280%29151-68108489" value="+4915168108489">+49-(0)151-68108489</a><br>
Balanstrasse 43                    mailto: mario.emmenlauer * <a href="http://unibas.ch" target="_blank">unibas.ch</a><br>
D-81669 München                          <a href="http://www.biodataanalysis.de/" target="_blank">http://www.biodataanalysis.de/</a><br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>