<div dir="ltr"><div><div>Hi Sebastien,<br><br></div>Is this fix included in the daily build through the Fiji updater? Or do we need to wait for 5.0.7 or 5.1.0?<br><br></div>Thanks,<br><br>Doug<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 19, 2015 at 3:37 AM, Sebastien Besson (Staff) <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Glyn,
<div><br>
</div>
<div>
<pre><font face="Helvetica">Thank you for reporting and identifying this bug.  We are reviewing a
fix here:</font></pre>
<pre><pre><font face="Helvetica"><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1531" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1531</a></font></pre></pre>
<pre><font face="Helvetica">
I would expect this fix to be included in the 5.1.0 and 5.0.7 releases of
Bio-Formats.
<br></font></pre>
<pre><font face="Helvetica">Best,</font></pre>
<pre><span style="font-family:Helvetica">Sebastien</span></pre>
<div><div><div class="h5">
<div>On 16 Jan 2015, at 12:42, glyn nelson <<a href="mailto:glyn.nelson@ncl.ac.uk" target="_blank">glyn.nelson@ncl.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>The Bioformats website says to post bio-format bug reports here.</div>
<div><br>
</div>
<div>I can't get bioformats to open some czi files captured on a new Zeiss LSM880.  I've tried to do so using Fiji and ImageJ with either loci_tools.jar and bio-formats_plugins.jar, both stable and daily builds, on a 64bit linux system.  Example error message
 below:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>(Fiji Is Just) ImageJ 2.0.0-rc-19/1.49m; Java 1.6.0_24 [64-bit]; Linux 3.11.10-21-desktop; 13MB of 10513MB (<1%)</div>
<div> </div>
<div>java.lang.NumberFormatException: null</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:417)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:499)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2144)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1207)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:689)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:202)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:166)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:131)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:662)</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>and in ImageJ using bioformats_package.jar (stable):</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>java.lang.NumberFormatException: null</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:415)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:497)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2144)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1207)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:689)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:183)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:150)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:127)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>This was with a 3 channel (16bit depth each) z stack, but I have also failed to open single channel z stacks taken with the same system too.</div>
<div><br>
</div>
<div>I'll upload an example image on the qa/upload site too.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<div><br>
</div>
<div>Glyn</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<br>
<div><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<div>Dr Sébastien Besson</div>
<div>Open Microscopy Environment / Harvard Medical School</div>
<div>Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,</div>
<div>College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,</div>
<div>Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364</div>
</div>
</span></div>
</span></span></div>
<br>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>