<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>The Bioformats website says to post bio-format bug reports here.</div><div><br></div><div>I can't get bioformats to open some czi files captured on a new Zeiss LSM880.  I've tried to do so using Fiji and ImageJ with either loci_tools.jar and bio-formats_plugins.jar, both stable and daily builds, on a 64bit linux system.  Example error message below:</div><div><br></div><div><div>(Fiji Is Just) ImageJ 2.0.0-rc-19/1.49m; Java 1.6.0_24 [64-bit]; Linux 3.11.10-21-desktop; 13MB of 10513MB (<1%)</div><div> </div><div>java.lang.NumberFormatException: null</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:417)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:499)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2144)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1207)</div><div><span class="" style="white-space:pre">      </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:689)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)</div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)</div><div><span class="" style="white-space:pre">  </span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:202)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:166)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:131)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:662)</div><div><br></div><div><br></div><div>and in ImageJ using bioformats_package.jar (stable):</div><div><br></div><div><div>java.lang.NumberFormatException: null</div><div><span class="" style="white-space:pre">      </span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:415)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:497)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2144)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1207)</div><div><span class="" style="white-space:pre">      </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:689)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)</div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)</div><div><span class="" style="white-space:pre">  </span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:183)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:150)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:127)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)</div></div><div><br></div><div>This was with a 3 channel (16bit depth each) z stack, but I have also failed to open single channel z stacks taken with the same system too.</div><div><br></div><div>I'll upload an example image on the qa/upload site too.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Glyn</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>
</div></div>