<div dir="ltr">Hi Fangfei,<div><div><br></div><div>> So my question is that the actual time the image was taken is still</div><div>> conserved when I use bfconvert to convert nd2 to tiff, and how can I</div><div>> get that information (actual time)?</div></div><div><br></div><div>Did you have a look at this code example?</div><div><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.0.6/components/formats-gpl/utils/PrintTimestamps.java">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.0.6/components/formats-gpl/utils/PrintTimestamps.java</a><br></div><div><br></div><div>From the output of that, you could cobble together a shell script to rename the file(s) to include the information, if that is what you need.</div><div><br></div><div>Regards,<br>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 16, 2014 at 1:59 PM, FangfeiLi <span dir="ltr"><<a href="mailto:lifangfei@hotmail.com" target="_blank">lifangfei@hotmail.com</a>></span> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi, Moore,<div><br></div><div>I think you got my idea.</div><div>I mean when you take the photo using the microscopy, you got a nd2 file. The nd2 file should record the actual time each image was taken.</div><div>The nd2 file is a video consists of all images. Therefore, each image in the nd2 file should contain the information of the </div><div>actual time that the image is taken. when I use bfconvert to convert the nd2 file to tiff file, I want to save that information also.</div><div><br></div><div>Using %A may give me the actual time the first image was taken in the nd2 file. However, it could not give the actual time all </div><div>the other images was taken in the same nd2 file. Due to there might be something wrong that the image was not taken as the the time I set. So I need to get the information of the actual time the image was taken. </div><div><br></div><div>So my question is that the <b>actual time</b> the image was taken is still conserved when I use bfconvert to convert nd2 to tiff, and how can I get that information (<b>actual time</b>)?</div><div><br></div><div>Thank you so much and best regards!</div><div>Fangfei</div><div><div class="h5"><div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Dec 16, 2014, at 11:19 AM, Melissa Linkert <<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>> wrote:</div><br><div>Hi Fangfei,<br><br><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">When I use bfconvert to convert a nd2 file into a number of tiff files,<br>is there a way to extract the timestamp of each image, i.e., the time<br>each image is taken by microscope camera?<br></blockquote></blockquote></blockquote><br><blockquote type="cite">It seems like Fangfei wanted to know the timestamp of each tiff,<br>E.g. timepoint 0 is 0 seconds<br><span style="white-space:pre-wrap">  </span>timepoint 1 is 10.5 seconds<br></blockquote><br>If you are indeed hoping to record the timestamp, the only way to do so<br>now is by using the %A option in the output file name, for example:<br><br>  bfconvert file.nd2 output-file_%A.tiff<br><br>%A gives the full timestamp of the first image stored in the output<br>file.  So if the start of the acquisition was 2014-12-16T10:15:00 and<br>the first image was acquired 5 seconds later, the output file name would<br>be output-file_2014-12-16T10:15:05.tiff.  There is not currently a<br>built-in way of recording just the timestamp from the beginning of the<br>acquisition, but it could be added if that would be useful.<br><br>Regards,<br>-Melissa<br><br>On Tue, Dec 16, 2014 at 12:11:23PM +0000, William Moore wrote:<br><blockquote type="cite">It seems like Fangfei wanted to know the timestamp of each tiff,<br>E.g. timepoint 0 is 0 seconds<br><span style="white-space:pre-wrap">       </span>timepoint 1 is 10.5 seconds<br><span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap">        </span>etc.<br><br>Am I right?<br><br>On 16 Dec 2014, at 11:48, "Balaji Ramalingam (Staff)" <<a href="mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk" target="_blank">b.ramalingam@dundee.ac.uk</a>> wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi,<br><br>If the question is about converting each time point into an image,<br>The following example should help,<br><br>bfconvert -timepoint 0 /path/to/input output-first-timepoint.tiff<br><br><br>The above example converts the first time point alone (-timepoint 0).<br><br>For more information on bfconvert, please follow the following link,<br><a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5/users/comlinetools/" target="_blank">http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5/users/comlinetools/</a><br>conversion.html<br><br>Hope that helps.<br><br>Best,<br>Balaji<br><br>__________________<br>Mr Balaji Ramalingam<br>Software Developer<br><br>OME Team<br>College of Life Sciences<br>University of Dundee<br><br><br><br><br><br><br>On 15/12/2014 18:59, "FangfeiLi" <<a href="mailto:lifangfei@hotmail.com" target="_blank">lifangfei@hotmail.com</a>> wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hello,<br><br>May I ask a question?<br><br>When I use bfconvert to convert a nd2 file into a number of tiff files,<br>is there a way to extract the timestamp of each image, i.e., the time<br>each image is taken by microscope camera?<br><br>Thank you very much and best regards!<br>Fangfei<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></blockquote><br><br>The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></blockquote><br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br></blockquote></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div></div>