<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>when I acquire a CZI within the ZEN software with 2 Scences, where every Scene by itself is a 2x1 Tile, the image looks like this: --> see 2 screenshots from ZEN for Scene 1 and 2.<br><br></div>There the "Acquistion order" is clear. I used the OME-Testimages with a TestCam Feature to make the images recognizable.<br><br></div>The problem is, that the BioFormtas CZIReader does no distinct dimension for Scenes and Tiles.<br></div>In ZEN inside the CZI file there is an S-Index (Scence) and M-Index(Tile).<br><br></div>The order of acquistion for the example is<br><br></div>S=0 M=0 --> Image 1<br></div>S=0 M=1 --> Image 2<br></div>S=1 M=0 --> Image 3<br></div>S=1 M=1 --> Image 4<br><br></div>But the CZIReader seems to use the M-Index as its outer loop index and the result is:<br><br>S=0 M=0 --> Image 1<br>S=1 M=0 --> Image 3<br>S=0 M=1 --> Image 2<br>S=0 M=1 --> Image 4<br><br></div>This makes is quite hard to import CZI data from for instance well images, where every well corresponds to a scence. When one uses a Tile inside a well, the BioFormat import mixes up the images and assigns images to wells, where they where not acquired.<br><br></div>Is it possible to modify the CZIReader in an way that it reads the Image Series correctly in the order of acquisition?<br><br></div>Cheers,<br><br>Sebi<br><div><div><div><br></div></div></div></div>