
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">

<div>

<div>Hi,</div>

<div><br>

</div>

<div>Thank you for reporting your bug, we were able to reproduce the same.</div>

<div><br>

</div>

<div>A ticket has been created on this regard, and you have been added to the cc list.</div>

<div><a href="https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/12624">https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/12624</a></div>

<div><br>

</div>

<div>You will get notifications to your email, on the status of the ticket.</div>

<div><br>

</div>

<div>Best,</div>

<div>Balaji</div>

<div>

<div><br>

</div>

<div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">__________________</span></div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);">

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Mr Balaji Ramalingam</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Software Developer<br>

</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">OME Team</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">College of Life Sciences</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">University of Dundee</p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div><br>

</div>

<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">

<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">

<span style="font-weight:bold">From: </span>Charles Brossollet <<a href="mailto:chbrosso@lltech.fr">chbrosso@lltech.fr</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, 4 November 2014 11:00<br>

<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>" <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[ome-users] Issue in decoding some RLE-compressed DICOM (4 attached images)<br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

Hello,

<div><br>

</div>

<div>We noticed that in some rare cases, DICOM data isn't properly decoded by BioFormats. In this case, some image pixels show a shift, resulting in a "ghost" image.</div>

<div><br>

</div>

<div>Attached images to show the problem: one is with RLE-lossless transfer syntax, and the same image with explicit transfer syntax (converted from the first using dcmdrle tool from DCMTK).</div>

<div><br>

</div>

<div>I converted both images to tiff with bfconvert from BioFormats 5.0.5, and adjusted to 8bit in Fiji, in order to see the issue, just open both tiffs and see the "ghost" in the one that were converted from the RLE dicom.</div>

<div><br>

</div>

<div>-- </div>

<div>

<div apple-content-edited="true">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

Charles Brossollet<br>

LLTech<br>

<br>

Tel: +33 (0)1 82 72 61 29<br>

Skype: chbrosso<br>

<a href="http://www.lltechimaging.com">http://www.lltechimaging.com</a></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</span><br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>