<html><body><div><div><div>My apologies for the incorrect email--it was intended for tech support at a company and I grabbed the wrong email for reply. Thank you to those who alerted me to the error.  I do feel quite silly!</div><div><br/></div><div>May your day smoother than mine!</div><div><i><font style="color:#333333">--Wendy Salmon</font></i></div><div><i><font style="color:#333333"><br/></font></i></div><div><i><font style="color:#333333">Sent from my Verizon Wireless 4G LTE DROID</font></i></div></div><br><br>ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk wrote:<br><br></div><br><div>Send ome-users mailing list submissions to

<br>     ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit

<br>     <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to

<br>     ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>You can reach the person managing the list at

<br>     ome-users-owner@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific

<br>than "Re: Contents of ome-users digest..."

<br>

<br>

<br>Today's Topics:

<br>

<br>   1. Re: OMERO sub-folders (Christophe TREFOIS)

<br>   2. Re: ome-users Digest, Vol 115, Issue 17 (Wendy Salmon)

<br>   3. Re: OMERO.figure release 1.0.0 (William Moore)

<br>

<br>

<br>----------------------------------------------------------------------

<br>

<br>Message: 1

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 20:52:56 +0000

<br>From: Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>To: Douglas Russell <douglas.russell@bioch.ox.ac.uk>

<br>Cc: "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO sub-folders

<br>Message-ID: <2EBB29CB9A8F494FB5253F6AF2E6A1981C658D99@hoshi.uni.lux>

<br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

<br>

<br>Hi Doug,

<br>

This sounds terrific. My understanding is that it could be similar to Gmail. Indeed, as far as I see it, they ?fake? a folder structure simply by visualizing a tag structure slightly differently. In fact, for OMERO we could imagine having two separate systems. One creating ?folders? which in fact creates some tag hierarchy, and the traditional tags which are not necessarily in a given order.

<br>

We have discovered that our users are quite demanding for such features and thus will eagerly monitor any developments in this direction.

<br>

Hopefully, one day we can contribute as well!

<br>

<br>Best,

<br>

<br>--

<br>Christophe

<br>

<br>From: Douglas Russell [mailto:douglas.russell@bioch.ox.ac.uk]

<br>Sent: mercredi, le 29 octobre 2014 19:09

<br>To: Christophe TREFOIS

<br>Cc: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO sub-folders

<br>

<br>Hi Christophe,

<br>

Indeed this is a much desired feature! In the simplest possible terms, the reason we do not have sub-folders is because it is hard to do this well in a database especially once you consider permissions, in the filesystem, if it's above you, it is the master of you. This is not so in a database.

<br>

However, I'm encouraged to find that you have discovered OMERO.webtagging. Yes, it can be used to similar (and I believe in many ways, superior) effect than infinitely nested hierarchies. The tagsearch feature is a very simple implementation of a visualisation of the tag structure you have created. I have plans to implement a tree-like view of the tagged data, but this was stalled somewhat while I have upgraded many components of OMERO.web to support this work. I hope to return to it at the end of the year.

<br>

The idea is to display a tree-like structure that is familiar to the users, but is in fact working similar to tagsearch, refining the search results each time the user 'navigates' into a 'directory'. This functionality will come with a serious caveat, which is that it will not scale to huge amounts of data/tags because the queries will start to run very slowly because of how the tags are stored in the system. I hope to create this proof of concept to show that tags are powerful and useful with the idea that utilising new technology in OMERO in the future, (e.g. graph databases) we are able to scale this up.

<br>

<br>Thanks,

<br>

<br>Douglas

<br>

<br>On 29 October 2014 17:35, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu<mailto:christophe.trefois@uni.lu>> wrote:

<br>Dear all,

<br>

Is there a specific reasoning as to why it is not possible to create multiple sub-folders to sort images in ?

<br>

My understanding is that together with OMERO.webtagging a rather complex structure can be created where users can search for and find their images. However, traditionally, users are used to store their images in multiple sub-folders.

<br>

Perhaps somebody could elaborate a bit and thus enlighten our staff? ?

<br>

<br>Thanks,

<br>

<br>

<br>................................................................................

<br>

Dr. Christophe TREFOIS, Dipl.-Ing.

<br>Doctor in Biology

<br>Senior Technical Specialist

<br>

<br>UNIVERSIT? DU LUXEMBOURG

<br>

<br>

<br>

<br>LUXEMBOURG CENTRE FOR SYSTEMS BIOMEDICINE

<br>

<br>Campus Belval | House of Biomedicine

<br>

<br>7, avenue des Hauts-Fourneaux

<br>

<br>L-4362 Esch-sur-Alzette

<br>

<br>T +352 46 66 44 6124

<br>F +352 46 66 44 6949

<br><a href="www.uni.lu/lcsb<http://www.uni.lu/lcsb&gt">www.uni.lu/lcsb<http://www.uni.lu/lcsb&gt</a>;

<br>

<br>

This message is confidential and may contain privileged information.

It is intended for the named recipient only.

If you receive it in error please notify me and permanently delete the original message and any copies.

<br>

<br>

<br>_______________________________________________

<br>ome-users mailing list

<br>ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>

<br>-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

<br>URL: <<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/f9c0b674/attachment-0001.html&gt">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/f9c0b674/attachment-0001.html&gt</a>;

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Message: 2

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 17:12:07 -0400 (EDT)

<br>From: Wendy Salmon <wsalmon@wi.mit.edu>

<br>To: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>Subject: Re: [ome-users] ome-users Digest, Vol 115, Issue 17

<br>Message-ID: <7987692.9792060.1414617127065.JavaMail.zimbra@wi.mit.edu>

<br>Content-Type: text/plain; charset=utf-8

<br>

<br>Hi Connor,

<br>

OK, I definitely have a problem with the timing of the Andor cameras in MetaMorph.  Attached are an 8-bit version of a snapped image and a screen shot of the live image for the same settings.  There is very clearly vibration in the snapped image, which I assume is the shutter.  I see this with both the sCMOS and the EM-CCD on the confocal side.

<br>

<br>There are other behaviors pointing to a shutter/camera timing issue:

1. If I set the trans shutter to be always open, the snapped image looks the same as the live image.

<br>

2. If I change the hardware setting for the transmitted light shutter in MetaMorph to an "open delay" of 1 second, there isn't any change in the amount of time it takes to snap a 100ms exposure (and it is definitely shorter than 1 second).  With a 1 second delay, as opposed to the normal 20ms delay, I would expect a noticeable difference in total time from command to image for a 100ms exposure.

<br>

3. I do not see this vibration with the iQ software--the Live and Snap images look the same.

<br>

Please let me know when you will have some time to work with me on this.

<br>

<br>I am running MM 7.8.2 and iQ 2.2.1 on Win7 32-bit. 

<br>

<br>Many thanks,

<br>Wendy

<br>

<br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

<br>Wendy Salmon

<br>Light Microscopy Specialist

<br>Whitehead Institute for Biomedical Research

<br>W.M. Keck Imaging Facility

<br>9 Cambridge Center, Rm 447

<br>Cambridge, MA 02142

<br>c: 617-429-0158

<br>e: wsalmon@wi.mit.edu

<br>w: <a href="http://staffa.wi.mit.edu/microscopy/">http://staffa.wi.mit.edu/microscopy/</a>

<br>

<br>----- Original Message -----

<br>From: ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>To: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>Sent: Wednesday, October 29, 2014 2:08:58 PM

<br>Subject: ome-users Digest, Vol 115, Issue 17

<br>

<br>Send ome-users mailing list submissions to

<br>     ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit

<br>     <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to

<br>     ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>You can reach the person managing the list at

<br>     ome-users-owner@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>

<br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific

<br>than "Re: Contents of ome-users digest..."

<br>

<br>

<br>Today's Topics:

<br>

<br>   1. Re: PixelData errors (Josh Moore)

<br>   2. OMERO sub-folders (Christophe TREFOIS)

<br>   3. Re: OMERO.figure release 1.0.0 (Christophe TREFOIS)

<br>   4. Re: OMERO sub-folders (Douglas Russell)

<br>

<br>

<br>----------------------------------------------------------------------

<br>

<br>Message: 1

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 14:26:54 +0100

<br>From: Josh Moore <josh@glencoesoftware.com>

<br>To: "Tjelvar Olsson (JIC)" <Tjelvar.Olsson@jic.ac.uk>

<br>Cc: "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: Re: [ome-users] PixelData errors

<br>Message-ID: <22E05792-9FB0-4588-A53F-58B1CC00FD7E@glencoesoftware.com>

<br>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii

<br>

<br>

<br>On Oct 28, 2014, at 1:27 PM, Tjelvar Olsson (JIC) wrote:

<br>

<br>> Dear all,

<br>

<br>Hi Tjelvar,

<br>

<br>

<br>> I have been working on creating an ansible script for automating the

> installation of an OMERO server on Centos 6.5.

<br>> 

<br>> The ansible script seems to be working and I can create a clean

> installation from scratch.

<br>

Interesting! Let us know how that goes.

<br>

<br>

<br>> However, when I run the diagnostic tool on a clean install I get a

> number of warnings and some errors.

<br>> Log files:  PixelData-0.log                18.0 KB       errors=7

<br>> 

<br>> My question is: should I be worried about the PixelData errors (log file

<br>> attached)?

> What do they mean and why are they raised?

<br>> 

<br>> Example error:

<br>> 

<br>> org.springframework.dao.DuplicateKeyException:

<br>> PreparedStatementCallback; SQL [insert into configuration (name, value)

<br>> values (?,?)]; ERROR: duplicate key value violates unique constraint

<br>> "configuration_pkey"; nested exception is

<br>> org.postgresql.util.PSQLException: ERROR: duplicate key value violates

<br>> unique constraint "configuration_pkey"

<br>

<br>Yes, this is a problem that's popped up a few times. See

<br><a href="http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/10181">http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/10181</a>

<br>

<br>Unfortunately, we haven't worked out a fix yet. Running the

<br>following should restart the service and the bottom of the log

<br>should look happier:

<br>

<br>  bin/omero admin ice server stop PixelData-0

<br>

<br>

<br>> Kind regards,

<br>> Tjelvar

<br>

<br>Cheers,

<br>~Josh

<br>

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Message: 2

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 17:35:08 +0000

<br>From: Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>To: "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: [ome-users] OMERO sub-folders

<br>Message-ID: <2EBB29CB9A8F494FB5253F6AF2E6A1981C658BA9@hoshi.uni.lux>

<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

<br>

<br>Dear all,

<br>

Is there a specific reasoning as to why it is not possible to create multiple sub-folders to sort images in ?

<br>

My understanding is that together with OMERO.webtagging a rather complex structure can be created where users can search for and find their images. However, traditionally, users are used to store their images in multiple sub-folders.

<br>

<br>Perhaps somebody could elaborate a bit and thus enlighten our staff? :)

<br>

<br>Thanks,

<br>

<br>

<br>................................................................................

<br>

Dr. Christophe TREFOIS, Dipl.-Ing.

<br>Doctor in Biology

<br>Senior Technical Specialist

<br>

<br>UNIVERSIT? DU LUXEMBOURG

<br>

<br>

<br>

<br>LUXEMBOURG CENTRE FOR SYSTEMS BIOMEDICINE

<br>

<br>Campus Belval | House of Biomedicine

<br>

<br>7, avenue des Hauts-Fourneaux

<br>

<br>L-4362 Esch-sur-Alzette

<br>

<br>T +352 46 66 44 6124

<br>F +352 46 66 44 6949

<br><a href="www.uni.lu/lcsb<http://www.uni.lu/lcsb&gt">www.uni.lu/lcsb<http://www.uni.lu/lcsb&gt</a>;

<br>

<br>

This message is confidential and may contain privileged information.

It is intended for the named recipient only.

If you receive it in error please notify me and permanently delete the original message and any copies.

<br>

<br>-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

<br>URL: <<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/be59decf/attachment-0001.html&gt">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/be59decf/attachment-0001.html&gt</a>;

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Message: 3

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 17:43:28 +0000

<br>From: Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>To: William Moore <will@lifesci.dundee.ac.uk>,

<br>     "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk Users"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>Message-ID: <2EBB29CB9A8F494FB5253F6AF2E6A1981C658BCD@hoshi.uni.lux>

<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

<br>

<br>Hi Will,

<br>

Thanks for the extensive answer.

<br>

Also, I wanted to congratulate you on the plugin. It gets a fantastic acceptance from our users. They love it!

<br>

Hopefully in a next version, choosing images can be simplified, as writing down the IDs works but is a bit cumbersome.

<br>

We will re-enable the saving option, as people were a little bit clueless where to find the actual figure. For them it belongs to the context of the image, but as you explained there is nothing to be found, so a bit confusing.

<br>

Another aspect is that if you have many figures, it becomes difficult to find back the figure you want. However, opening the attachment from an image and then going straight to that figure seems much more logical in such a workflow.

<br>

P.s.: Should feature requests be made on github or on another OME server?

<br>

<br>Kind Regards,

<br>

<br>--

<br>Christophe

<br>

<br>From: William Moore [mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk]

<br>Sent: jeudi 9 octobre 2014 15:23

<br>To: Christophe TREFOIS; ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk Users

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>

<br>Hi,

<br>

Are you already making images "public" via the OMERO.web public user as described <a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/developers/Web/PublicData.html">https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/developers/Web/PublicData.html</a> ?

<br>

<br> In general I have tried to make the OMERO.figure files adopt the same permissions (same group) as the

images that are used in each figure. So, by default the figure should start out with the same permissions as it's images.

(It's actually possible to combine images from different groups into a single figure, but I'm assuming most users don't do this).

<br>

However, we don't currently attach the figure to any of the images that are in the figure.

So, if you choose to move those images to a "public" group, the figure file will remain in it's original group.

<br>

<br>If you want to also move the figure file to the "public" group, the only way to do this is to attach it to

one of the images that are in the figure, then move that image to the public group.

<br>You can attach the figure by clicking the  Attachments [+] button in the image right panel, then browsing existing files

on OMERO and picking the figure by name.

<br>

This should cause the figure file to move to that group too.

<br>Then, you should only need to allow the public user to access "figure" urls (by configuring the public url filter - see docs link above)

and it should just work.

I haven't actually tested this complete workflow, but it should be fine.

<br>

<br>NB: Just before the OMERO.figure 1.0.0 release, I added code that attached the figure file to all the

<br>images in the figure each time you Saved the figure. However, I disabled this for the release, since

it made it too easy to accidentally delete the figure file when looking at the image in web-client.

<br>See <a href="https://github.com/will-moore/figure/issues/21#issuecomment-57457959">https://github.com/will-moore/figure/issues/21#issuecomment-57457959</a>

<br>

<br>If you want to enable this, you can simply set LINK_TO_IMAGES = True in figure/views.py

<br><a href="https://github.com/will-moore/figure/blob/develop/views.py#L244">https://github.com/will-moore/figure/blob/develop/views.py#L244</a>

<br>

In future versions of web-client, we'll make it harder to delete figure files, then we can re-enable this linking on save.

<br>

<br>Hope that helps,

<br>

<br>   Will.

<br>

<br>

<br>

<br>On 8 Oct 2014, at 17:11, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu<mailto:christophe.trefois@uni.lu>> wrote:

<br>

<br>

Also, sorry to bug you more, but how would you change permissions on a ? figure ? object?

<br>

<br>Eg, say I have the following workflow

<br>

<br>1.       Create figure with user: toto

<br>2.       Finish figure that goes to publication

<br>3.       Want to make figure public to everyone can "interact" with it

<br>

<br>I couldn't find that in your documentation, maybe I'm blind :(

<br>

Cheers and kudos for this awesome tool?

<br>

<br>From: Christophe TREFOIS

<br>Sent: mercredi 8 octobre 2014 17:59

<br>To: 'William Moore'

<br>Subject: RE: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>

<br>Sweet !

<br>

Do you know of any efforts to have the whole OMERO in this beautiful typset ?

<br>

Also, I opened some issues on git for figure1.0.0, I hope that's the place you expect feedback.

<br>

Best!

<br>

<br>From: William Moore [mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk]

<br>Sent: mercredi 8 octobre 2014 15:49

<br>To: Christophe TREFOIS

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>

<br>Hi,

<br>

Yes, exactly. Twitter bootstrap makes everything easy!

<br>

Also using Raphael.js for rectangles on selected panels and backbone.js for everything else.

<br>

<br>  Cheers,

<br>

<br>   Will.

<br>

<br>

<br>

<br>On 8 Oct 2014, at 14:45, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu<mailto:christophe.trefois@uni.lu>> wrote:

<br>

<br>Hi Will,

<br>

<br>Sorry I will just bluntly ask like this, but how do you get your OMERO to look so pretty ? (I'm guessing Twitter Bootstrap 3?)

<br>

<br>Any pointers would be so welcome :)

<br>

<br>Best,

<br>

<br>P.s.: Installing OMERO.figure now...

<br>

<br>From: ome-users [mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk<mailto:users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk>] On Behalf Of William Moore

<br>Sent: lundi 6 octobre 2014 16:58

<br>To: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk> Users

<br>Subject: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>

<br>Hi All,

<br>

Today we have released OMERO.figure 1.0.0, which includes support for Z-projections.

<br>

<br>To see the full release announcement, go to <a href="http://will-moore.github.io/figure/2014/10/06/release-1.0.0.html">http://will-moore.github.io/figure/2014/10/06/release-1.0.0.html</a>

<br>

<br>

<br>A video of the new features is at <a href="https://www.youtube.com/watch?v=P0MMKtIKdFY">https://www.youtube.com/watch?v=P0MMKtIKdFY</a>

<br>

<br>And there are more tutorial videos at <a href="http://will-moore.github.io/figure/videos.html">http://will-moore.github.io/figure/videos.html</a>

<br>

<br>

<br>If you haven't tried OMERO.figure yet, you can read more and experiment with the demos listed on the

<br>recently updated home page: <a href="http://will-moore.github.io/figure/">http://will-moore.github.io/figure/</a>

<br>

<br>

<br> Regards,

<br>

<br>  Will.

<br>

<br>

<br>-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

<br>URL: <<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/b989d0dc/attachment-0001.html&gt">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/b989d0dc/attachment-0001.html&gt</a>;

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Message: 4

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 18:08:36 +0000

<br>From: Douglas Russell <douglas.russell@bioch.ox.ac.uk>

<br>To: Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>Cc: "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO sub-folders

<br>Message-ID:

<br>     <CAE9O58C9mpL=QcK0uGtBwC1ut0ehNHkcrntXzj9AEDiyR6p_1w@mail.gmail.com>

<br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

<br>

<br>Hi Christophe,

<br>

<br>Indeed this is a much desired feature! In the simplest possible terms, the

<br>reason we do not have sub-folders is because it is hard to do this well in

<br>a database especially once you consider permissions, in the filesystem, if

it's above you, it is the master of you. This is not so in a database.

<br>

However, I'm encouraged to find that you have discovered OMERO.webtagging.

<br>Yes, it can be used to similar (and I believe in many ways, superior)

<br>effect than infinitely nested hierarchies. The tagsearch feature is a very

<br>simple implementation of a visualisation of the tag structure you have

<br>created. I have plans to implement a tree-like view of the tagged data, but

<br>this was stalled somewhat while I have upgraded many components of

<br>OMERO.web to support this work. I hope to return to it at the end of the

year.

<br>

<br>The idea is to display a tree-like structure that is familiar to the users,

<br>but is in fact working similar to tagsearch, refining the search results

<br>each time the user 'navigates' into a 'directory'. This functionality will

<br>come with a serious caveat, which is that it will not scale to huge amounts

<br>of data/tags because the queries will start to run very slowly because of

<br>how the tags are stored in the system. I hope to create this proof of

<br>concept to show that tags are powerful and useful with the idea that

<br>utilising new technology in OMERO in the future, (e.g. graph databases) we

are able to scale this up.

<br>

<br>Thanks,

<br>

<br>Douglas

<br>

<br>On 29 October 2014 17:35, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>wrote:

<br>

<br>>  Dear all,

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> Is there a specific reasoning as to why it is not possible to create

> multiple sub-folders to sort images in ?

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> My understanding is that together with OMERO.webtagging a rather complex

> structure can be created where users can search for and find their images.

<br>> However, traditionally, users are used to store their images in multiple

<br>> sub-folders.

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> Perhaps somebody could elaborate a bit and thus enlighten our staff? J

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> Thanks,

<br>>

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> *................................................................................*

<br>>

<br>> *Dr. Christophe TREFOIS, **Dipl.-Ing.*

<br>> *Doctor in Biology*

<br>>

<br>> Senior Technical Specialist

<br>>

<br>> UNIVERSIT? DU LUXEMBOURG

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> LUXEMBOURG CENTRE FOR SYSTEMS BIOMEDICINE

<br>>

<br>> Campus Belval | House of Biomedicine

<br>>

<br>> 7, avenue des Hauts-Fourneaux

<br>>

<br>> L-4362 Esch-sur-Alzette

<br>>

<br>> T +352 46 66 44 6124

<br>> F +352 46 66 44 6949

<br>> <a href="www.uni.lu/lcsb">www.uni.lu/lcsb</a>

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> *This message is confidential and may contain privileged information. *

<br>>

<br>> *It is intended for the named recipient only. *

<br>>

<br>> *If you receive it in error please notify me and permanently delete the

<br>> original message and any copies.*

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> _______________________________________________

<br>> ome-users mailing list

<br>> ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>>

<br>>

<br>-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

<br>URL: <<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/bff2cae1/attachment.html&gt">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/bff2cae1/attachment.html&gt</a>;

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Subject: Digest Footer

<br>

<br>_______________________________________________

<br>ome-users mailing list

<br>ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>End of ome-users Digest, Vol 115, Issue 17

<br>******************************************

<br>

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Message: 3

<br>Date: Wed, 29 Oct 2014 23:15:59 +0000

<br>From: William Moore <will@lifesci.dundee.ac.uk>

<br>To: Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu>

<br>Cc: "ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk Users"

<br>     <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>

<br>Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>Message-ID:

<br>     <573B63ED-2D2E-425C-AFCC-A03CE73C4349@lifesci.dundee.ac.uk>

<br>Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"

<br>

<br>Hi Christophe,

<br>

<br>You can choose images by copying and pasting the "image link" as shown in the first video

<br>on this page:

<br><a href="http://will-moore.github.io/figure/videos.html">http://will-moore.github.io/figure/videos.html</a>

<br>

<br>If you have the PDF figures attached to the images (and these contain a link to the Figure url),

do you still need the figure itself to be attached to the images?

Since the figure file (json) attachment doesn't give you any way to re-open the figure in OMERO.figure (no link).

<br>

Please use github issues at <a href="https://github.com/will-moore/figure/issues">https://github.com/will-moore/figure/issues</a> for feature requests, bugs etc.

<br>

<br> Thanks for the feedback,

<br>

<br>  Will.

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>On 29 Oct 2014, at 17:43, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu> wrote:

<br>

<br>> Hi Will,

<br>>  

> Thanks for the extensive answer.

<br>>  

> Also, I wanted to congratulate you on the plugin. It gets a fantastic acceptance from our users. They love it!

<br>>  

> Hopefully in a next version, choosing images can be simplified, as writing down the IDs works but is a bit cumbersome.

<br>>  

> We will re-enable the saving option, as people were a little bit clueless where to find the actual figure. For them it belongs to the context of the image, but as you explained there is nothing to be found, so a bit confusing.

<br>>  

> Another aspect is that if you have many figures, it becomes difficult to find back the figure you want. However, opening the attachment from an image and then going straight to that figure seems much more logical in such a workflow.

<br>>  

> P.s.: Should feature requests be made on github or on another OME server?

<br>>  

<br>> Kind Regards,

<br>>  

<br>> --

<br>> Christophe

<br>>  

<br>> From: William Moore [mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk] 

<br>> Sent: jeudi 9 octobre 2014 15:23

<br>> To: Christophe TREFOIS; ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk Users

<br>> Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>>  

<br>> Hi,

<br>>  

> Are you already making images "public" via the OMERO.web public user as described <a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/developers/Web/PublicData.html">https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5/developers/Web/PublicData.html</a> ?

<br>>  

<br>>  In general I have tried to make the OMERO.figure files adopt the same permissions (same group) as the 

> images that are used in each figure. So, by default the figure should start out with the same permissions as it's images.

> (It's actually possible to combine images from different groups into a single figure, but I'm assuming most users don't do this).

<br>>  

> However, we don't currently attach the figure to any of the images that are in the figure.

> So, if you choose to move those images to a "public" group, the figure file will remain in it's original group.

<br>>  

<br>> If you want to also move the figure file to the "public" group, the only way to do this is to attach it to

> one of the images that are in the figure, then move that image to the public group.

<br>> You can attach the figure by clicking the  Attachments [+] button in the image right panel, then browsing existing files

> on OMERO and picking the figure by name.

<br>>  

> This should cause the figure file to move to that group too.

<br>> Then, you should only need to allow the public user to access "figure" urls (by configuring the public url filter - see docs link above)

> and it should just work.

> I haven't actually tested this complete workflow, but it should be fine.

<br>>  

<br>> NB: Just before the OMERO.figure 1.0.0 release, I added code that attached the figure file to all the

<br>> images in the figure each time you Saved the figure. However, I disabled this for the release, since

> it made it too easy to accidentally delete the figure file when looking at the image in web-client.

<br>> See <a href="https://github.com/will-moore/figure/issues/21#issuecomment-57457959">https://github.com/will-moore/figure/issues/21#issuecomment-57457959</a>

<br>>  

<br>> If you want to enable this, you can simply set LINK_TO_IMAGES = True in figure/views.py

<br>> <a href="https://github.com/will-moore/figure/blob/develop/views.py#L244">https://github.com/will-moore/figure/blob/develop/views.py#L244</a>

<br>>  

> In future versions of web-client, we'll make it harder to delete figure files, then we can re-enable this linking on save.

<br>>  

<br>> Hope that helps,

<br>>  

<br>>    Will.

<br>>  

<br>>  

<br>>  

<br>> On 8 Oct 2014, at 17:11, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu> wrote:

<br>> 

<br>> 

> Also, sorry to bug you more, but how would you change permissions on a ? figure ? object?

<br>>  

<br>> Eg, say I have the following workflow

<br>>  

<br>> 1.       Create figure with user: toto

<br>> 2.       Finish figure that goes to publication

<br>> 3.       Want to make figure public to everyone can ?interact? with it

<br>>  

<br>> I couldn?t find that in your documentation, maybe I?m blind L

<br>>  

> Cheers and kudos for this awesome tool?

<br>>  

<br>> From: Christophe TREFOIS 

<br>> Sent: mercredi 8 octobre 2014 17:59

<br>> To: 'William Moore'

<br>> Subject: RE: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>>  

<br>> Sweet !

<br>>  

> Do you know of any efforts to have the whole OMERO in this beautiful typset ?

<br>>  

> Also, I opened some issues on git for figure1.0.0, I hope that?s the place you expect feedback.

<br>>  

<br>> Best!

<br>>  

<br>> From: William Moore [mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk] 

<br>> Sent: mercredi 8 octobre 2014 15:49

<br>> To: Christophe TREFOIS

<br>> Subject: Re: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>>  

<br>> Hi,

<br>>  

>  Yes, exactly. Twitter bootstrap makes everything easy!

<br>>  

> Also using Raphael.js for rectangles on selected panels and backbone.js for everything else.

<br>>  

<br>>   Cheers,

<br>>  

<br>>    Will.

<br>>  

<br>>  

<br>>  

<br>> On 8 Oct 2014, at 14:45, Christophe TREFOIS <christophe.trefois@uni.lu> wrote:

<br>>  

<br>> 

<br>> Hi Will,

<br>>  

<br>> Sorry I will just bluntly ask like this, but how do you get your OMERO to look so pretty ? (I?m guessing Twitter Bootstrap 3?)

<br>>  

<br>> Any pointers would be so welcome J

<br>>  

<br>> Best,

<br>>  

<br>> P.s.: Installing OMERO.figure now?

<br>>  

<br>> From: ome-users [mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk] On Behalf Of William Moore

<br>> Sent: lundi 6 octobre 2014 16:58

<br>> To: ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk Users

<br>> Subject: [ome-users] OMERO.figure release 1.0.0

<br>>  

<br>> Hi All,

<br>>  

>  Today we have released OMERO.figure 1.0.0, which includes support for Z-projections.

<br>>  

<br>> To see the full release announcement, go to <a href="http://will-moore.github.io/figure/2014/10/06/release-1.0.0.html">http://will-moore.github.io/figure/2014/10/06/release-1.0.0.html</a>

<br>>  

<br>>  

<br>> A video of the new features is at <a href="https://www.youtube.com/watch?v=P0MMKtIKdFY">https://www.youtube.com/watch?v=P0MMKtIKdFY</a>

<br>>  

<br>> And there are more tutorial videos at <a href="http://will-moore.github.io/figure/videos.html">http://will-moore.github.io/figure/videos.html</a>

<br>>  

<br>>  

<br>> If you haven't tried OMERO.figure yet, you can read more and experiment with the demos listed on the

<br>> recently updated home page: <a href="http://will-moore.github.io/figure/">http://will-moore.github.io/figure/</a>

<br>>  

<br>>  

<br>>  Regards,

<br>>  

<br>>   Will.

<br>>  

<br>>  

<br>

<br>-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

<br>URL: <<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/0e655b17/attachment.html&gt">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20141029/0e655b17/attachment.html&gt</a>;

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>Subject: Digest Footer

<br>

<br>_______________________________________________

<br>ome-users mailing list

<br>ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk

<br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a>

<br>

<br>

<br>------------------------------

<br>

<br>End of ome-users Digest, Vol 115, Issue 18

<br>******************************************

<br></div></body></html>