<div dir="ltr">Hi All, <div><br></div><div>I am attempting to analyze extremely large images produced on an AxioScan microscope and segmented using ZEN software.  These are CZI files with JPEG-XR compression.  </div><div><br></div><div>Examples of my image sizes (pixels) are:</div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">201276 X 203751</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">205353 X 198345</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">182611 X 215607</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">167046 X 189615</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">135139 X 188422</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">158073 X 165835</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">185008 X 144463</div></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">When I run the .CZI to .TIF converter <a href="http://hcbi.fas.harvard.edu/resources_software" target="_blank" style="font-size:12.8000001907349px">http://hcbi.fas.harvard.edu/resources_software</a></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">I end up with TIF files which are, as an example:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">182612 x 215608 (> 39 GPIX), 74.3-80.2 GB</span><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">These massive TIFF files cannot be opened by ImageJ (Bio-formats), Fiji, or Photoshop (CS5).  </span><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I am wondering if anyone has found a solution to working with this type of data.  Is it possible to reduce the resolution/size of the images produced by the microscope/ZEN software?</span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Thanks, </span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Trevor</span></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Trevor Steve, MD<div><br></div><div>Neurology Resident (PGY-7)</div><div>PhD Student, Department of Medicine</div><div>University of Alberta</div></div>
</div></div>