<div dir="ltr">Hi Melissa,<div><br></div><div>I am using Bio-Formats 5.0.4 indeed. Have tried from a vanilla IJ1 install (as suggested on the IJ mailing list) but I see the same memory usage pattern : some saw-teeth usage around 100MB, then using ~3 times the stack size (still reading the header), then if I don't max out memory at this stage it starts reading planes up to ~1x stack size memory usage and opening.</div><div><br></div><div>These are 1-channel streamed stacks from an N-STORM acquisition under NIS Elements 4.2, with between 50,000 and 120,000 256x256 16-bit images. As regards Bio-Formats import options, everything is unchecked and I ask for a regular ImageJ stack as output.</div><div><br></div><div>Thanks for your help,</div><div><br></div><div>Christophe</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-09-08 23:44 GMT+02:00 Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Christophe,<br>
<span class=""><br>
> I'm trying to open a big Nikon .nd2 files in Fiji using Bio-Formats (not<br>
> the new SciFiIO) in Fiji, Windows 7 64 bits, 64GB RAM. The "Reading file<br>
> header part" usually peaks well above the actual file size with 17.6 GB (on<br>
> ImageJ memory monitor) for a 6.3 GB nd2 file. For a 15.9 GB file, it maxes<br>
> out the 60 GB allocated to Fiji. As it is the header reading part, it does<br>
> not make a difference to try to open as a virtual stack or not.<br>
<br>
</span>Thank you for the bug report.  Could you please confirm which version of<br>
Bio-Formats you're using?  Using 5.0.4, we've been able to initialize 8.5 GB<br>
files with <1GB of RAM, so if you're using an older version then<br>
upgrading may solve the problem.<br>
<br>
If you see the same behavior with 5.0.4, which options are selected in<br>
the "Bio-Formats Import Options" window?<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Mon, Sep 08, 2014 at 12:00:48PM +0200, Christophe Leterrier wrote:<br>
> I have a question regarding Bio-Formats regarding memory use of Nikon .nd2<br>
> files, and Curtis Rueden advised me to post it here rather than on the<br>
> ImageJ mailing list.<br>
><br>
> thanks for your help,<br>
><br>
> --<br>
> Christophe Leterrier<br>
> Chercheur<br>
> Equipe Architecture des Domaines Axonaux<br>
> CRN2M CNRS UMR 7286 - Aix Marseille Université<br>
><br>
> ---------- Forwarded message ----------<br>
> From: Christophe Leterrier <<a href="mailto:christophe.leterrier@gmail.com">christophe.leterrier@gmail.com</a>><br>
> Date: 2014-09-05 16:42 GMT+02:00<br>
> Subject: .ND2 reader in BioFormats<br>
> To: ImageJ Mailing List <<a href="mailto:imagej@list.nih.gov">imagej@list.nih.gov</a>><br>
><br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> This is primarily a Bio-Formats question.<br>
><br>
> I'm trying to open a big Nikon .nd2 files in Fiji using Bio-Formats (not<br>
> the new SciFiIO) in Fiji, Windows 7 64 bits, 64GB RAM. The "Reading file<br>
> header part" usually peaks well above the actual file size with 17.6 GB (on<br>
> ImageJ memory monitor) for a 6.3 GB nd2 file. For a 15.9 GB file, it maxes<br>
> out the 60 GB allocated to Fiji. As it is the header reading part, it does<br>
> not make a difference to try to open as a virtual stack or not.<br>
><br>
> Is this a known situation? What are my options for opening these files?<br>
><br>
> Thanks for your help,<br>
><br>
> Christophe<br>
<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>