<div dir="ltr"><div>I have a question regarding Bio-Formats regarding memory use of Nikon .nd2 files, and Curtis Rueden advised me to post it here rather than on the ImageJ mailing list.</div><div><br></div><div>thanks for your help,</div><div><br></div><div>--<br>Christophe Leterrier<br>Chercheur<br>Equipe Architecture des Domaines Axonaux<br>CRN2M CNRS UMR 7286 - Aix Marseille Université<br></div><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Christophe Leterrier</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:christophe.leterrier@gmail.com">christophe.leterrier@gmail.com</a>></span><br>Date: 2014-09-05 16:42 GMT+02:00<br>Subject: .ND2 reader in BioFormats<br>To: ImageJ Mailing List <<a href="mailto:imagej@list.nih.gov">imagej@list.nih.gov</a>><br><br><br><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>This is primarily a Bio-Formats question.</div><div><br></div><div>I'm trying to open a big Nikon .nd2 files in Fiji using Bio-Formats (not the new SciFiIO) in Fiji, Windows 7 64 bits, 64GB RAM. The "Reading file header part" usually peaks well above the actual file size with 17.6 GB (on ImageJ memory monitor) for a 6.3 GB nd2 file. For a 15.9 GB file, it maxes out the 60 GB allocated to Fiji. As it is the header reading part, it does not make a difference to try to open as a virtual stack or not.</div><div><br></div><div>Is this a known situation? What are my options for opening these files?</div><div><br></div><div>Thanks for your help,</div><div><br></div><div>Christophe</div><div><br></div><div><br></div></div>
</div><br></div>