<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi All, <br><br></div>I am trying to work with CZI files compressed using JPEG-XR compression.  I am wondering if anyone has any experience working with such files from the following perspectives... considering that my research goal is to make measurements of histological structures from the images<br>
<br></div>1.  Using ImageJ:  I  understand that the Bio-Formats plugin currently does not support JPEG-XR compressed files.  Progress has been made, but it does not look like a solution has been found.  Any advice on how progress could be made here would be appreciated. <br>
<br><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014</a><br><br></div>2.  Converting JPEG-XR files to a format used by ImageJ.  The programs I am familiar with for converting images do not have functionality to allow conversion between JPEG-XR to analyzable formats such as TIFF. <br>
<br><a href="http://www.bioimage.ucsb.edu/BioImage">http://www.bioimage.ucsb.edu/BioImage</a> Convert<br><br></div>If anyone knows of a program which can convert JPEG-XR files, this would be much appreciated. <br><br></div>
3.  Programs that can work with JPEG-XR files and measure length of histological structures.  I know that some programs such as Photoshop and GIMP can open JPEG-XR files, but are much less useful for my research application.  If anyone knows of a program which is similar to ImageJ (easy to measure histological areas, volumes, lengths) but can open JPEG-XR, this would also be useful. <br>
<br>Thanks, <br><br>Trevor<br><div><div><div><div><br><br><div><div><div><br>-- <br><div dir="ltr">Trevor Steve, MD<div><br></div><div>Neurology Resident (PGY-7)</div><div>PhD Student, Department of Medicine</div><div>University of Alberta</div>
</div>
</div></div></div></div></div></div></div></div>