<div dir="ltr">Hi Trevor,<div><br></div><div>Note that you need to read a CZI file compressed with JPEG-XR and not a standard JPEG-XR file. OpenSlide project is actively working on adding support for JPEG-XR compressed CZI files into its library. Once added viewer and databases using openslide will be able to operate on those images.</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div>dmitry</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 3, 2014 at 11:27 AM, Trevor Steve <span dir="ltr"><<a href="mailto:tsteve@ualberta.ca" target="_blank">tsteve@ualberta.ca</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi All, <br><br></div>I am trying to work with CZI files compressed using JPEG-XR compression.  I am wondering if anyone has any experience working with such files from the following perspectives... considering that my research goal is to make measurements of histological structures from the images<br>


<br></div>1.  Using ImageJ:  I  understand that the Bio-Formats plugin currently does not support JPEG-XR compressed files.  Progress has been made, but it does not look like a solution has been found.  Any advice on how progress could be made here would be appreciated. <br>


<br><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014</a><br><br></div>2.  Converting JPEG-XR files to a format used by ImageJ.  The programs I am familiar with for converting images do not have functionality to allow conversion between JPEG-XR to analyzable formats such as TIFF. <br>


<br><a href="http://www.bioimage.ucsb.edu/BioImage" target="_blank">http://www.bioimage.ucsb.edu/BioImage</a> Convert<br><br></div>If anyone knows of a program which can convert JPEG-XR files, this would be much appreciated. <br>

<br></div>
3.  Programs that can work with JPEG-XR files and measure length of histological structures.  I know that some programs such as Photoshop and GIMP can open JPEG-XR files, but are much less useful for my research application.  If anyone knows of a program which is similar to ImageJ (easy to measure histological areas, volumes, lengths) but can open JPEG-XR, this would also be useful. <br>


<br>Thanks, <br><br>Trevor<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><div><div><div><div><br><br><div><div><div><br>-- <br><div dir="ltr">Trevor Steve, MD<div><br></div><div>Neurology Resident (PGY-7)</div><div>PhD Student, Department of Medicine</div>

<div>University of Alberta</div>
</div>
</div></div></div></div></div></div></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>__________________________________<br><br>Dmitry Fedorov Levit <<a href="mailto:dima@dimin.net" target="_blank">dima@dimin.net</a>><br>Web: <a href="http://www.dimin.net/" target="_blank">http://www.dimin.net/</a><br>

__________________________________<br><br>Center for Bio-Image Informatics:<br>  <<a href="http://www.bioimage.ucsb.edu/" target="_blank">http://www.bioimage.ucsb.edu/</a>><br><br>Vision Research Lab, Electrical and Computer Engineering:<br>

  <<a href="http://vision.ece.ucsb.edu/" target="_blank">http://vision.ece.ucsb.edu/</a>><br><br>University of California, Santa Barbara<br>_________________________________
</div>