<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">

<div>

<div>Dear Paul,</div>

<div><br>

</div>

<div>Please follow the following Trac ticket,</div>

<div><a href="https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/3187">https://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/3187</a></div>

<div><br>

</div>

<div>This covers the whole scope of work, planned for the rendering engine (it also covers the issue that we are discussing).</div>

<div><br>

</div>

<div>The only work around I can think of, is via the client,</div>

<div>Import all the images into a dataset, then edit the rendering settings manually for one of the images (For R,G,B separately) and ‘apply to all’ the images within the dataset.</div>

<div>This can be used as a short-term work around.</div>

<div><br>

</div>

<div>Hope that helps.</div>

<div><br>

</div>

<div>Best,</div>

<div>Balaji</div>

<div>

<div><br>

</div>

<div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">__________________</span></div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);">

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Mr Balaji Ramalingam</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Software Developer<br>

</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">OME Team</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">College of Life Sciences</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">University of Dundee</p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div><br>

</div>

<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">

<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">

<span style="font-weight:bold">From: </span>Paul van Schayck <<a href="mailto:paul@vanschayck.nl">paul@vanschayck.nl</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Date: </span>Wednesday, 13 August 2014 08:38<br>

<span style="font-weight:bold">To: </span>Balaji Ramalingam <<a href="mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk">b.ramalingam@dundee.ac.uk</a>>, "<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>" <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [ome-users] PNG images being auto-scaled upon BioFormats import<br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div>

<div dir="ltr">

<div>

<div>

<div>Dear Balaji,<br>

<br>

</div>

Thank you for your response. I noticed the problem is not limited to PNG images, but also present in JPEG or other RGB images. Am I correct in assuming this is a general problem with RGB images?

<br>

<br>

</div>

Is a trac issue that I can keep an eye on? Is there a work around possible?<br>

<br>

</div>

Thanks,<br>

<br>

Paul<br>

<div><br>

<br>

</div>

</div>

<div class="gmail_extra"><br>

<br>

<div class="gmail_quote">On Tue, Aug 12, 2014 at 4:17 PM, Balaji Ramalingam <span dir="ltr">

<<a href="mailto:b.ramalingam@dundee.ac.uk" target="_blank">b.ramalingam@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">

<div>

<div>Dear Paul,</div>

<div><br>

</div>

<div>Thank you for reporting your issue.</div>

<div>We have already noticed this issue with our rendering engine , which definitely does affect the display of images.</div>

<div>We are working on ways to improve the algorithm and will keep you posted once there is an update on this regard.</div>

<div><br>

</div>

<div>Best,</div>

<div>Balaji</div>

<div>

<div><br>

</div>

<div>

<div style="color:rgb(40,40,40)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">__________________</span></div>

<div style="color:rgb(40,40,40)">

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Mr Balaji Ramalingam</p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Software Developer<br>

</p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">OME Team</p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">College of Life Sciences</p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">University of Dundee</p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div><br>

</div>

<span>

<div style="font-family:Calibri;font-size:11pt;text-align:left;color:black;BORDER-BOTTOM:medium none;BORDER-LEFT:medium none;PADDING-BOTTOM:0in;PADDING-LEFT:0in;PADDING-RIGHT:0in;BORDER-TOP:#b5c4df 1pt solid;BORDER-RIGHT:medium none;PADDING-TOP:3pt">

<span style="font-weight:bold">From: </span>Paul van Schayck <<a href="mailto:paul@vanschayck.nl" target="_blank">paul@vanschayck.nl</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Date: </span>Monday, 11 August 2014 07:28<br>

<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>" <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[ome-users] PNG images being auto-scaled upon BioFormats import<br>

</div>

<div>

<div class="h5">

<div><br>

</div>

<div>

<div>

<div dir="ltr">

<div>

<div>

<div>

<div>Dear all,<br>

<br>

</div>

I'm having trouble with the import of PNG images into OMERO. It seems like they are being autoscaled, causing the colors to look quite different then when viewed in the Windows image viewer. I've uploaded a sample image to:<br>

<br>

<a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/feedback/9442/?token=2168adf9151f1ca565a5bb3eeb36c635" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/feedback/9442/?token=2168adf9151f1ca565a5bb3eeb36c635</a><br>

<br>

</div>

The orange in the image will nearly turn pink upon import. I can replicate this problem when using the BioFormats importer in ImageJ and selecting the Autoscale option. When not selecting the autoscale option the colors remain as in the Windows image viewer.<br>

<br>

</div>

Where is this problem coming from? Is this a problem with autoscaling, is this a problem with the image? Can the autoscaling in the OMERO importer be turned off somehow?<br>

<br>

</div>

Thank you,<br>

<br>

Paul<br>

<div>

<div>

<div><br>

<br>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</span><br>

<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span></div>

</blockquote>

</div>

<br>

</div>

</div>

</div>

</span><br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>