<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi, <br><br>I am trying to automate some image processing acquired from ZEN through FIJI.<br><br></div>In ZEN there is an option to have the user write down the name of the each channel.<br>

<br></div>This information is saved within the .czi file, and i'd like to access it in order to name each channel according to this user specified name (as opposed to the cryptic Channel 1, Channel 2, etc) so the users don't have refer back to ZEN and reenter information.<br>

<br></div>This data appears to be available to metadata reader, but is not properly implemented. <br><br>I can find an original metadata key,value pair from the ImporterMetadata class which is<br>key<br>"Experiment|AcquisitionBlock|RegionsSetup|TilesSetup|MultiTrackSetup|Track|Channel|Description"<br>

</div>value<br></div>"Syntaxin1" (which in this case is the name of one of the channel names written into ZEN).<br><br></div>However, that is the only one available and there are 2 other channels.  Nor does this tag appear to specify which channel this name goes with.  Syntaxin1 is the last channel of the 3 channels in this example file, so one explanation might be that the code has each channel overwrite the same key/value pair, rather than having the keys be distinct such as...<br>

<br>Experiment|AcquisitionBlock|RegionsSetup|TilesSetup|MultiTrackSetup|Track|Channel|Description#1<br>Experiment|AcquisitionBlock|RegionsSetup|TilesSetup|MultiTrackSetup|Track|Channel|Description#2<br></div>etc...<br><br>

</div><div>This data is also apparently not pushed into the OME-XML tree.. and it seems it should be pushed into the Channel/Name field of the OME-XML model, but instead it puts the filter set name there ("Alexa Fluor 488") for example.  This should be stored somewhere else .. probably in the FilterSet portion of the XML.<br>

<br></div><div>I am currently uploading (its about half way done right now) an example file called<br><br>LAL2_070814_ses1big_ASIC1_Syntax1A.czi<br><br></div><div>to the OMERO.qa server, which should have 3 channels names (DAPI, ASIC1, and Syntaxin1) with taken across many positions.<br>

<br></div><div>This is the first time I have attempted to use bioformats to programmatically access metadata, so perhaps I am doing something incorrectly, or could access the channel specific tags if i used some other lower level classes.. so any help would be appreciated.<br>

<br></div><div>Best,<br></div>Forrest<br></div>