<div dir="ltr">Hello,<br><br>I do not manage to open CZI files that are related to well images of one experiment on a 48-well plate. FiJi is up to date, version 2.0.0-rc-6/1.49b, as well as Bioformats (5.0.2-DEV). Java version: 1.6.0_24(64bit).<br>
<br>More precisely, in the folder are the files:<br>- Fluo_1.czi: header file<br>- Fluo_1(1).czi for well 1<br>- Fluo_1(2).czi for well 2<br>- etc.<br><br>Before updating at the beginning of June 2014, I could open directly the files dealing with each well using the command in Jython : IJ.open(file). I could also do it using the Gui, and open each well file directly selecting it in the menu File > Open... . I could also open the header file, and a window would pop up, asking me if I want the metadata, if a virtual stack should be used, etc. After clicking on ok, the header file would be analyzed, and a new window would pop up, asking me to select the well (the "Series" as it was called in the window) or the wells that I was interested in.<br>
<br>Now, I can still run the command IJ.open(file), or use the Gui to open the header file or individual well file, but :<br>- in the first case, whichever well file I open, IJ.open(file) opens the first well file<br>- in the second case, no window pops up and only the first well file opens, whatever I do.<br>
<br>Messages in the shell:<br>SLF4J: Class path contains multiple SLF4J bindings.<br>SLF4J: Found binding in [jar:file:/media/New/software2/downloads/unpacked/Fiji.app/jars/slf4j-log4j12-1.7.2.jar!/org/slf4j/impl/StaticLoggerBinder.class]<br>
SLF4J: Found binding in [jar:file:/media/New/software2/downloads/unpacked/Fiji.app/jars/logback-classic-1.0.9.jar!/org/slf4j/impl/StaticLoggerBinder.class]<br>SLF4J: See <a href="http://www.slf4j.org/codes.html#multiple_bindings">http://www.slf4j.org/codes.html#multiple_bindings</a> for an explanation.<br>
SLF4J: Actual binding is of type [org.slf4j.impl.Log4jLoggerFactory]<br><br>I just want to open each CZI file to measure the mean intensity and record it.<br><br>Thanks a lot for your help,<br>Regards,<br>Alice Schoenauer Sebag</div>