<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi Michael,<br><br>> The problem is that ./SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest<br>> /path/to/output_series_0.ome.tiff /path/to/scifiotest.ome.tiff<br>> (and my little program) throws an exception.<br>

...<br>> How do I use bfconvert the correct way for my case?<br><br></div><div class="gmail_extra">You used bfconvert correctly to convert your dataset. Just so it's clear, if your goal was to produce an OME-TIFF:<br>

<br>> /SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest /path/to/output_series_0.ome.tiff /path/to/scifiotest.ome.tiff<br><br></div><div class="gmail_extra">would be unnecessary, as you already have the OME-TIFF output from bfconvert. The itkSCIFIOImageIOTest is an analogous tool to bfconvert written in the Bio-Formats C++ framework. (although comparing the outputs of the itkSCIFIOImageIOTest conversion would be a good way to check for errors in the conversion process)<br>

<br></div><div class="gmail_extra">That said, I believe your conversion failed because the output was picked up by the ITK TIFF ImageIO, which I believe only supports 3D data. The itkSCIFIOImageIOTest utility does basically no automation - you have to tell it exactly how to run, and because the SCIFIOImageIO is an external module it is not prioritized by the ITK format detection framework over internal modules (I'm not sure it's part of the automatic detection framework at all, actually). So you need to force the use of the SCIFIOImageIO for writing.<br>

<br>If you run:<br><br> /SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">with no arguments from the command line, it will print the usage + available flags. The flag you wanted here is "-w"  to write with the SCIFIOImageIO (which will use Bio-Formats, and thus the OME-TIFF writer).<br>

<br></div><div class="gmail_extra">So the final syntax is:<br><br> /SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest /path/to/output_series_0.ome.tiff /path/to/scifiotest.ome.tiff -w<br><br>which worked for me locally.<br><br></div>

<div class="gmail_extra">Let me know if you have any other questions or issues!<br></div><div class="gmail_extra"><br>Regards,<br>Mark<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 29, 2014 at 4:40 AM, Michael Meuli <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.meuli@gmail.com" target="_blank">michael.meuli@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div id=":2ah" class="" style="overflow:hidden"> ./SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest<br>
/path/to/output_series_0.ome.tiff /path/to/scifiotest.ome.tiff</div></blockquote></div><br><br></div></div>