<div dir="ltr">Hi Vytas,<div><br></div><div><div>> It appears bioformats importer does not recognize the CZI fields</div><div>> created by the recent Lightsheet microscope system.</div></div><div><br></div><div>I am replying with the OME-users mailing list in CC, which is the best place to report Bio-Formats issues.</div>

<div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 19, 2014 at 8:45 AM, vbindokas <span dir="ltr"><<a href="mailto:vbindoka@bsd.uchicago.edu" target="_blank">vbindoka@bsd.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Dear Curtis,<br>
It appears bioformats importer does not recognize the CZI fields created by the recent Lightsheet microscope system.  The lightsheet stored angular rotation "views" within the structure in addition to CH, T, Z. The importer does open the first 'view', but not beyond that.<br>


Can I request that tag/data be read for CZI?<br>
The Zeiss software export is not very friendly [outputs views in stacks per Z and time], meaning that output must be then split and resorted to get data suitable for openSPIM processing.<br>
These are hugely big.<br>
If the czi could be opened as a virtual stack and then written out with the usual sequential tif naming, then it at least saves one step and much time/space.<br>
[I can try to upload a smaller czi file (5GBs), if that helps]<br>
best regards,<br>
<br>
-- <br>
__<br>
<br>
Vytas Bindokas, Ph.D.<br>
Research Assoc. / Assoc. Prof.,<br>
Director, BSD Light Microscopy Core Facility<br>
phone: <a href="tel:773-702-4875" value="+17737024875" target="_blank">773-702-4875</a><br>
<br>
     [address for letters ONLY (see shipping addr below):]<br>
Dept Pharmacol Physiol Sci MC0926<br>
947 E 58th Street<br>
The University of Chicago<br>
Chicago IL 60637<br>
Room Abbott 129<br>
<br>
<br>
shipping address (main KCBD site):<br>
V. Bindokas<br>
900 E 57th Street<br>
KCBD room 1250, Microscopy Core<br>
The University of Chicago<br>
Chicago IL 60637<br>
<br>
<br>
email <a href="mailto:vbindoka@bsd.uchicago.edu" target="_blank">vbindoka@bsd.uchicago.edu</a><br>
web site for LMCF:<br>
<a href="http://digital.uchicago.edu/index.html" target="_blank">http://digital.uchicago.edu/<u></u>index.html</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div>