<div dir="ltr">Hi Sharmon,<div><br></div><div><div>> > I tried to download the update for Bio-Formats to troubleshoot a</div><div>> > problem i was having opening .ims files.</div></div><div>></div><div><div>

> Copy this jar file into the ImageJ plugins folder, and make sure that</div><div>> any existing loci_tools.jar in this folder is removed.  You will be</div><div>> using the new version the next time you restart ImageJ.</div>

</div><div><br></div><div>Or use the Fiji distribution of ImageJ (<a href="http://fiji.sc/">http://fiji.sc/</a>). It will do the updates automatically for you, saving much pain.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>

Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 13, 2014 at 6:42 AM, Roger Leigh <span dir="ltr"><<a href="mailto:rleigh@dundee.ac.uk" target="_blank">rleigh@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On 12/02/14 13:08, Roger Leigh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On 11/02/14 20:21, Josh Moore wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Forwarding to the list.<br>
~J.<br>
<br>
</blockquote></blockquote>
<br>
</div><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
This is the exception error I receive when trying to open the .ims files<br>
<br>
ImageJ 1.47v; Java 1.6.0_65 [64-bit]; Mac OS X 10.6.8; 21MB of 658MB<br>
(3%)<br>
<br>
java.lang.<u></u>NumberFormatException: For input string: "0.000"<br>
</blockquote></blockquote>
<br>
Please could you upload a copy of this image so we can take a look at<br>
what's causing the error in more detail?  You can do so here:<br>
<br>
<a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.<u></u>uk/qa/upload/</a><br>
</blockquote>
<br></div>
Thanks for uploading the image.  I have tested opening this with<br>
versions 4.4.10, 5.0.0-rc1 and the latest development code; it works<br>
fine with all three from what I can see.  I certainly don't get the<br>
error above.<br>
<br>
I would suggest updating by downloading the bioformats package from<br>
here: <a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.0.0-rc2/" target="_blank">http://downloads.<u></u>openmicroscopy.org/bio-<u></u>formats/5.0.0-rc2/</a><br>
<br>
<a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.0.0-rc2/artifacts/bioformats_package.jar" target="_blank">http://downloads.<u></u>openmicroscopy.org/bio-<u></u>formats/5.0.0-rc2/artifacts/<u></u>bioformats_package.jar</a><br>


<br>
Copy this jar file into the ImageJ plugins folder, and make sure that<br>
any existing loci_tools.jar in this folder is removed.  You will be<br>
using the new version the next time you restart ImageJ.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Roger<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
--<br>
Dr Roger Leigh -- Open Microscopy Environment<br>
Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,<br>
College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,<br>
Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364<br>
<br>
The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<u></u>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<u></u>org.uk/mailman/listinfo/ome-<u></u>users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>