<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Hi all,<div>We packaged a Cellomics dataset as part of the Broad Bioimage Benchmark Collection, BBBC018. It's available for download here:</div><div><a href="http://www.broadinstitute.org/bbbc/BBBC018/BBBC018_v1_images.zip" target="_blank">http://www.broadinstitute.org/bbbc/BBBC018/BBBC018_v1_images.zip</a></div>

<div><br></div><div>We renamed the files when we packaged it up - unfortunately. It's not the first time that something like this has happened, not under our control. When I unpack the zip and use showinf to read the image, I get the following stack trace:</div>

<div><div><br></div><div><div><font face="courier new, monospace">c:\Temp\bioformats_5.0.0_rc2>showinf -no-upgrade c:\Temp\BBBC018_v1_images\00733-actin.DIB</font></div><div><font face="courier new, monospace">Checking file format [Cellomics C01]</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">Initializing reader</font></div><div><font face="courier new, monospace">CellomicsReader initializing c:\Temp\BBBC018_v1_images\00733-actin.DIB</font></div><div><font face="courier new, monospace">Exception in thread "main" java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: 1</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">        at java.lang.String.charAt(Unknown Source)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.in.CellomicsReader.getWellName(CellomicsReader.java:371)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.in.CellomicsReader.getChannel(CellomicsReader.java:395)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.in.CellomicsReader.initFile(CellomicsReader.java:149)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1360)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.ImageReader.setId(ImageReader.java:781)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.ReaderWrapper.setId(ReaderWrapper.java:576)</font></div><div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.tools.ImageInfo.testRead(ImageInfo.java:993)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">        at loci.formats.tools.ImageInfo.main(ImageInfo.java:1075)</font></div><div><font face="courier new, monospace">c:\Temp\bioformats_5.0.0_rc2></font></div><div><font face="courier new, monospace"><br>

</font></div><div>The problem here is that much of the code in the reader assumes that it will get a reasonable file name and doesn't catch the cases where the assumptions are violated. In this case, the code assumes that the well metadata appears after the last underbar: "images\00733-actin.DIB" (it should have a format like "A01f00o1.DIB").</div>

</div></div><div><br></div><div>I'm going to submit a pull request for a patch to this - I have both the directory of zip files and a representative directory of Cellomics files with their correct file names and I want to make sure what I do works in CellProfiler (<a href="https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/issues/1043" target="_blank">https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/issues/1043</a>).</div>

<div><br></div><div>I do have one question as I'm implementing. This line:</div><div><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/bio-formats/src/loci/formats/in/CellomicsReader.java#L195" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/bio-formats/src/loci/formats/in/CellomicsReader.java#L195</a><br>

</div><div><br></div><div>prevents the reader from including all of a plate's files unless there is a full plate map. It seems a little cruel... just want to make sure it belongs there, I have one directory which is a full plate and another which is just short of full.</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br></div><div>--Lee</div><div><br></div><div><br></div></font></span></div>
</div><br></div>