<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I have a flex file that can be read correctly in Opera's EvoShell environment but throws IOException when I try to open it in ImageJ using the bio-format plug-in. I'm using ImageJ v1.48p, and the Bio-Formats 4.4.10 loci_tools.jar downloaded from <a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/4.4.10/">http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/4.4.10/</a> as an ImageJ plugin. </div>
<div><br></div><div>The error log with exception: </div><div><br></div><div><div>java.io.IOException</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at loci.common.xml.XMLTools.parseXML(XMLTools.java:373)</div><div>
<span class="" style="white-space:pre">       </span>at loci.common.xml.XMLTools.parseXML(XMLTools.java:351)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.FlexReader.parseFlexFile(FlexReader.java:796)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.FlexReader.groupFiles(FlexReader.java:1256)</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>at loci.formats.in.FlexReader.initFlexFile(FlexReader.java:495)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.formats.in.FlexReader.initFile(FlexReader.java:328)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1244)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:482)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:146)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:196)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:160)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:131)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)</div>
<div>Caused by: org.xml.sax.SAXParseException: Content is not allowed in trailing section.</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.util.ErrorHandlerWrapper.createSAXParseException(ErrorHandlerWrapper.java:195)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.util.ErrorHandlerWrapper.fatalError(ErrorHandlerWrapper.java:174)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLErrorReporter.reportError(XMLErrorReporter.java:388)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLScanner.reportFatalError(XMLScanner.java:1414)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLDocumentScannerImpl$TrailingMiscDriver.next(XMLDocumentScannerImpl.java:1459)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLDocumentScannerImpl.next(XMLDocumentScannerImpl.java:648)</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl.scanDocument(XMLDocumentFragmentScannerImpl.java:511)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.parsers.XML11Configuration.parse(XML11Configuration.java:808)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.parsers.XML11Configuration.parse(XML11Configuration.java:737)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.parsers.XMLParser.parse(XMLParser.java:119)</div><div><span class="" style="white-space:pre">  </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.parsers.AbstractSAXParser.parse(AbstractSAXParser.java:1205)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at com.sun.org.apache.xerces.internal.jaxp.SAXParserImpl$JAXPSAXParser.parse(SAXParserImpl.java:522)</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>at javax.xml.parsers.SAXParser.parse(SAXParser.java:395)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>at javax.xml.parsers.SAXParser.parse(SAXParser.java:198)</div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>at loci.common.xml.XMLTools.parseXML(XMLTools.java:365)</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>... 16 more</div></div><div><br></div><div>Looks like the Bio-Format code is not parsing the specific flex file correctly. I can provide the problematic flex file once I know where to upload it. </div>
<div>Thank you very much in advance for any help. </div><div>Best regards,</div><div>Kevin </div></div>