<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>if you are looking for DeltaVision support from python, Sebastian Haase's "priithon" project (<a href="https://code.google.com/p/priithon/">https://code.google.com/p/priithon/</a>) contains an Mrc file reader/writer -- take a look at: Priithon/Mrc.py</div>
<div><br></div><div>API have added some extra metadata to the basic format (<a href="http://msg.ucsf.edu/IVE/IVE4_HTML/IM_ref2.html">http://msg.ucsf.edu/IVE/IVE4_HTML/IM_ref2.html</a>), but hopefully you don't need that.</div>
<div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Graeme</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 27, 2014 at 7:45 AM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Lee and Carolina,<br>
<br>
> > I have a collaborator that would like to load multi-channel 2D DeltaVision<br>
> > files in CellProfiler.<br>
> > I'm aware of the ImageJ plugin to load DeltaVision files, but it seems a<br>
> > bit complicated to use the CellProfiler-ImageJ bridge to load images?<br>
> > Do you think it will be possible to load DeltaVision files directly into<br>
> > CellProfiler in the near future?<br>
><br>
> Carolina, I was thinking I might take a shot at writing the image reader. I<br>
> have the code for the ImageJ plugin and it has no copyright. Do you have an<br>
> example file?<br>
<br>
Maybe I misunderstand, but doesn't CellProfiler already have a way to<br>
load images using Bio-Formats directly (without ImageJ)?  In that case,<br>
Deltavision data should be supported, though if there are any issues on our<br>
side we'd be happy to address them.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<br>
On Mon, Jan 27, 2014 at 08:05:47AM -0500, Lee Kamentsky wrote:<br>
> Carolina, I was thinking I might take a shot at writing the image reader. I<br>
> have the code for the ImageJ plugin and it has no copyright. Do you have an<br>
> example file?<br>
><br>
> --Lee<br>
><br>
><br>
> On Mon, Jan 27, 2014 at 3:33 AM, Carolina Wählby <<br>
> <a href="mailto:carolina@broadinstitute.org">carolina@broadinstitute.org</a>> wrote:<br>
><br>
> > Hi,<br>
> > I have a collaborator that would like to load multi-channel 2D DeltaVision<br>
> > files in CellProfiler.<br>
> > I'm aware of the ImageJ plugin to load DeltaVision files, but it seems a<br>
> > bit complicated to use the CellProfiler-ImageJ bridge to load images?<br>
> > Do you think it will be possible to load DeltaVision files directly into<br>
> > CellProfiler in the near future?<br>
> > Best regards<br>
> > Carolina Wählby<br>
> ><br>
> ><br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>