<div dir="ltr"><div>Thanks Christophe, you made my day :-)</div><div><br></div><div>I suspected something as simple as that. Where can I find the complete documentation for bf objects ?<br></div><div><br></div><div>Thanks into advance,</div>
<div><br></div><div>--</div><div>Fethallah</div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 14, 2014 at 3:12 PM, Christophe TREFOIS <span dir="ltr"><<a href="mailto:christophe.trefois@uni.lu" target="_blank">christophe.trefois@uni.lu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">






<div lang="FR-BE" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Did you try setting setGroupFile(false) on the bf object?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">--<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Christophe<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a> [mailto:<a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a>]
<b>On Behalf Of </b>Fethallah Benmansour<br>
<b>Sent:</b> mardi 14 janvier 2014 09:52<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<b>Subject:</b> [ome-users] Opera scanner Flex files: bfopen very slow<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear All,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have tried to load one flex file using the matlab function bfopen.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If the flex file is isolated in one directory, then the function reads it immediately.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">However, if the file belongs to the plate directory with many flex files near it, then the loading take about 1.5 hours (not to say forever).<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In fact, it does the following steps:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Storing well indices<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Looking for other .flex files<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Looking for files that are in the same dataset as Y:\SomeLocation\Meas_01(2014-01-09_17-02-50)\003003004.flex<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Measurement files not found.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Making sure that all .flex files are valid<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">#<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Grouping together files in the same dataset<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">...etc<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The plate is huge indeed (about 20 Gigs of data).<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Is there a way to force it to read only one specific file, without extracting the metadata from the whole plate ?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks into advance,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">--<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Fethallah<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>