<div dir="ltr"><div><div>Using loci_tools.jar from 5.0.0-rc1 to extract a 8192^2 pixel squared area in the top right of AH09.ndpi (linked below), I see a black area in the right part of the image. I'm sure its supposed to render the rest of the image and not just a black rectangle.<br>
<br></div>My command:<br>java -mx2048m -cp loci_tools-5.0.0-rc1.jar loci.formats.tools.ImageConverter -series 0 -crop 10240,0,8192,8192 AH09.ndpi tile.jpg<br><br></div>Response:<br>AH09.ndpi<br>NDPIReader initializing AH09.ndpi<br>
Reading IFDs<br>Populating metadata<br>Populating OME metadata<br>[Hamamatsu NDPI] -> exports/tile.jpg [JPEG]<br>        Converted 1/1 planes (100%)<br>[done]<br>8.907s elapsed (1320.0+6361.0ms per plane, 1224ms overhead)<br>
java -mx2048m -cp  loci.formats.tools.ImageConverter -series 0 -crop      9,78s user 0,86s system 84% cpu 12,529 total<br><br><div><div><div><div>I'm on Kubuntu 13.10 and java version "1.7.0_25"<br>OpenJDK Runtime Environment (IcedTea 2.3.12) (7u25-2.3.12-4ubuntu3)<br>
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 23.7-b01, mixed mode)<br><br></div><div>I also tried using Oracle's java implementation: java version "1.7.0_45"<br>Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_45-b18)<br>Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.45-b08, mixed mode)<br>
<br></div><div>Both java VMs produce the same black area to the right.<br><br></div><div>Attached are: Link to original file and link to extracted tile.<br><br></div><div>I hope this information is useful and provided through the proper channels. If not, please let me know.<br>
<br>--<br></div><div>Merry Christmas<br></div><div><br><div class="gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:#f5f5f5;padding:5px;color:#222;font-family:arial;font-style:normal;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid #ddd">
<a href="https://docs.google.com/file/d/0B4ijDc1V08E3MlpvWTFKSG0tWEE/edit?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration:none;padding:1px 0px;border:medium none;width:100%"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="color:#15c;text-decoration:none;vertical-align:bottom">AH09.ndpi</span></a></div>
<br><div class="gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:#f5f5f5;padding:5px;color:#222;font-family:arial;font-style:normal;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid #ddd">
<a href="https://docs.google.com/file/d/0B4ijDc1V08E3ZC1HRFE4U2JsSEU/edit?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration:none;padding:1px 0px;border:medium none;width:100%"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="color:#15c;text-decoration:none;vertical-align:bottom">tile.jpg</span></a></div>
<br></div></div></div></div></div>