<font size=2 face="sans-serif">Dear LOCI Dev Team,</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">I'm currently testing </font><br><br><font size=2 face="sans-serif">- Bio Formats 5.0.0-beta1 plugin - Zeiss

CZI Reader with / on </font><br><font size=2 face="sans-serif">- Fiji / ImageJ v1.48i</font><br><font size=2 face="sans-serif">- Java RE x64 1.7.0 U25</font><br><font size=2 face="sans-serif">- Win7 SP1 x64 </font><br><br><font size=2 face="sans-serif">Please see screenshot. Fiji-ImageJ-BioFormats-VersionInfo.jpg:</font><br><br><br><br><font size=2 face="sans-serif">There are two basic and obvoius issues

- at least the first one has been reported before:</font><br><font size=2 face="sans-serif"> </font><br><font size=2 face="sans-serif">1) First issue is with BGR48 (36 valid

bits) color images -  a common pixel format with Zeiss AxioCam models.

</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">These images are displayed either with

wrong size and therefore somehow compressed, shifted, overlayed,  pixelated

or blackened - please see screenshots below:</font><br><br><br><br><font size=2 face="sans-serif">They should be displayed like this:</font><br><br><br><br><font size=2 face="sans-serif">Please find the metadata for both images

below:</font><br><br><br><br><font size=2 face="sans-serif">I uploaded a couple of sample images

a few month ago to the omero.qa server:</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">BGR48:</font><br><font size=2 face="sans-serif">- AxioCamICc5_bgr48_36ValidBits_1C_8Z.czi</font><br><font size=2 face="sans-serif">- AxioCamMRc_bgr48_36ValidBits_1C_9Z.czi</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">BGR24:</font><br><font size=2 face="sans-serif">- AxioCamICc5_bgr24_24ValidBits_1C_8Z.czi</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">Gray16:</font><br><font size=2 face="sans-serif">- AxioCamMRc_Gray16_12ValidBits_1C_9Z.czi</font><br><font size=2 face="sans-serif">- AxioCamICc5_Gray16_12ValidBits_1C_8Z.czi</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">Unfortunately I did not manage to create

a functional account there so I wasn't able to track, if these images were

usefull anyhow.</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">Please let me know If you need these

images again and where to deposit them - thanks in advance!</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">2) Second issue is with tile images,

which were processed somehow along the way in ZEN. The resolution pyramid

is recalculated in this case (so called offline pyramid) and Bio Formats

importer seems to be unable to handle these images properly. Either import

fails with a java exception (please find exception test below) or the display

is scrambled / chopped.  <font size=2 face="sans-serif">  <font size=2 face="sans-serif">Should look like this: <font size=2 face="sans-serif">Metadata of both images: <font size=2 face="sans-serif">I can provide sample images as well.

as theses are tile images of 100MB file size each, please let me know where

to upload them - Thanks in advance!</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">In case you need additional information,

please let me know!</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">Mit freundlichen Gruessen / with best

regards<br><br>Martin Huettinger<br><br>______________________________<br><br>Carl Zeiss Microscopy GmbH<br>Geschäftsbereich BioSciences / BioSciences Division<br>Imaging Software München / Imaging Software Munich<br>Systemingenieur / Systems Engineer<br><br>M a r t i n   H u e t t i n g e r<br><br>Kistlerhofstr. 75, 81379 München<br>Telefon / Phone: +49 89 90 9000-413<br>Fax: +49 89 90 9000-555<br></font><a href=mailto:martin.huettinger@zeiss.com><font size=2 face="sans-serif">mailto:martin.huettinger@zeiss.com</font></a><font size=2 face="sans-serif"><br></font><a href=http://www.zeiss.com/microscopy><font size=2 face="sans-serif">http://www.zeiss.com/microscopy</font></a><font size=2 face="sans-serif"><br>______________________________<br><br>Carl Zeiss Microscopy GmbH<br>Vorsitzender des Aufsichtsrates: Dr. Michael Kaschke<br>Geschäftsführung: Dr. Ulrich Simon, Wilhelm Nörthemann, Dr. Bernhard Ohnesorge,

<br>Dr. Frank Stietz<br>Sitz der Gesellschaft: 07740 Jena, Deutschland<br>Amtsgericht Jena, HRB 210.536, USt-IdNr: 814 503 774</font><font face="sans-serif"><font size="1" face="Times New Roman">

<br><br>----------------------------------------<br>

This message is intended for a particular addressee only and may contain business or company secrets. If you have received this email in error, please contact the sender and delete the message immediately. Any use of this email, including saving, publishing, copying, replication or forwarding of the message or the contents is not permitted. <br><br></font></font>