<div dir="ltr">Hi Vladimir,<div><br></div><div>I am CCing the ome-users list, which is the best place to ask Bio-Formats questions.</div><div><br></div><div><div><div>> it looks like LOCI is incompatible with the changes that 10.9</div>

<div>> introduces to Java.</div></div></div><div><br></div><div>Bio-Formats is working for me on OS X 10.9 with Java 1.6.0_45 as well as Java 1.7.0_21.</div><div><br></div><div>> <span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">java.lang.</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">NoClassDefFoundError: loci/formats/UpgradeChecker</span></div>

<div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">That error indicates a mismatch between JAR files. Are you using the Fiji distribution of ImageJ? If not, I suggest you do so; Fiji comes bundled with the latest stable version of Bio-Formats, and is by far the most convenient way of updating it. If you need to enable a development build of Bio-Formats, you can do so as described at:</span></div>

<div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">    </span><font face="Calibri, sans-serif"><span style="font-size:14px"><a href="http://fiji.sc/Bio-Formats#Daily_builds">http://fiji.sc/Bio-Formats#Daily_builds</a></span></font></div>

<div><br></div><div>If you use Fiji, you will not need to use the "Update LOCI plugins" command anymore.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">

On Tue, Oct 29, 2013 at 4:46 PM, Vladimir I Gelfand <span dir="ltr"><<a href="mailto:vgelfand@northwestern.edu" target="_blank">vgelfand@northwestern.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div>Hi Curtis,</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I noticed that you are using LOCI with Apple OS X 10.9, I wonder if you can suggest to have it to work. I am trying to use it within Fiji but it complains every time (see the log below, for example, from my attempt to update LOCI). </div>


<div><br>
</div>
<div>I would very much appreciate your suggestions — it looks like LOCI is incompatible with the changes that 10.9 introduces to Java.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for your help!</div>
<div><br>
</div>
<div>Vladimir Gelfand</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>(Fiji Is Just) ImageJ 1.48e; Java 1.6.0_65 [64-bit]; Mac OS X 10.9; 81MB of 3713MB (2%)</div>
<div> </div>
<div>java.lang.NoClassDefFoundError: loci/formats/UpgradeChecker</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.Updater.install(Updater.java:113)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.plugins.Updater.run(Updater.java:94)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:196)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:160)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Command.runPlugIn(Command.java:148)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Command.runCommand(Command.java:97)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:695)</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div><span style="font-size:medium">
<div style="word-wrap:break-word">
<div><span style="font-size:14px">
<div>-----------</div>
<div>
<div>Vladimir I. Gelfand, Ph.D.</div>
<div>Leslie B. Arey Professor</div>
<div>Department of Cell and Molecular Biology </div>
<div>Feinberg School of Medicine    </div>
<div>Northwestern University </div>
<div>303 E. Chicago Ave. Ward 11-100</div>
<div>Chicago, IL 60611-3008</div>
<div>T-<a href="tel:%28312%29%20503-0530" value="+13125030530" target="_blank">(312) 503-0530</a>  </div>
<div>F-<a href="tel:%28312%29%20503-7912" value="+13125037912" target="_blank">(312) 503-7912</a></div>
<div><a href="mailto:vgelfand@northwestern.edu" target="_blank">vgelfand@northwestern.edu</a></div>
<div><br>
</div>
</div>
</span></div>
</div>
</span></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>