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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D">Hi Kurt-</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D">Thanks from all of us at OME for the positive feedback.  Great to hear that things are working.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D">(And thanks to Curtis for the forward and cross-post—sometimes, it’s a good thing!)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D">Cheers,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D">Jason</span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#1F497D"> </span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt; font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt; font-family:"Tahoma","sans-serif""> ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk [mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk]
<b>On Behalf Of </b>Curtis Rueden<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, October 30, 2013 7:54 PM<br>
<b>To:</b> Kurt Thorn<br>
<b>Cc:</b> ImageJ Interest Group; OME-users mailing list<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-users] Problem with Grid/Collection stitching plugin</span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Kurt,</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">> I just wanted to thank you with your help with getting this working.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">You're very welcome! Glad to hear it is working.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I hope you do not mind me CCing the ImageJ and OME lists. People often ask for help solving technical problems, but rarely share their success stories publicly. It helps the morale of the team, as well as future funding, to know that people
 find these tools useful.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">> I just did some extensive testing and using the image metadata results</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">> in great stitching of Micro-Manager data.  I'm impressed by the</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">> interoperability of all these different packages, which I guess owes a</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">> lot to Bioformats and the OME-TIFF file format.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">There are many people who deserve thanks:</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Stephan Preibisch did the hard work of authoring the stitching plugins.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://fiji.sc/Stitching#Citation">http://fiji.sc/Stitching#Citation</a></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Melissa Linkert, the primary Bio-Formats developer, implemented the Micro-Manager reader, which makes extraction of the stage position metadata possible.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://openmicroscopy.org/site/about/licensing-attribution/citing-ome">http://openmicroscopy.org/site/about/licensing-attribution/citing-ome</a></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Johannes Schindelin, the maintainer of Fiji, strives daily to ensure that Fiji's various components remain compatible with one another.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://fiji.sc/How_to_cite_Fiji%3F">http://fiji.sc/How_to_cite_Fiji%3F</a></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Micro-Manager team has done outstanding work and been very collaborative.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.micro-manager.org/wiki/Citing_Micro-Manager">http://www.micro-manager.org/wiki/Citing_Micro-Manager</a></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Open Microscopy Environment team maintains the OME-XML schema, which as you point out is how the Stitching plugin can read stage position metadata from so many different formats using Bio-Formats.</p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://openmicroscopy.org/site/about/licensing-attribution/citing-ome">http://openmicroscopy.org/site/about/licensing-attribution/citing-ome</a></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Continuing development of these projects would not be possible without the efforts of the PIs, including Pavel Tomancak, Kevin Eliceiri and Jason Swedlow. In particular, they organize invaluable "hackathons" where developers get together
 to work on such interoperability. IIRC, it was at one such event where Stephan made the Stitching plugins use Bio-Formats, with the help of Melissa and myself.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Curtis</p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> </p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Oct 30, 2013 at 12:42 PM, Kurt Thorn <<a href="mailto:kurt.thorn@ucsf.edu" target="_blank">kurt.thorn@ucsf.edu</a>> wrote:</p>
<p class="MsoNormal">Hi Curtis -<br>
<br>
I just wanted to thank you with your help with getting this working.  I just did some extensive testing and using the image metadata results in great stitching of Micro-Manager data.  I'm impressed by the interoperability of all these different packages, which
 I guess owes a lot to Bioformats and the OME-TIFF file format.<br>
<br>
Thanks,<br>
Kurt</p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
On 10/18/2013 12:16 PM, Curtis Rueden wrote:</p>
</div>
</div>
<blockquote style="border:none; border-left:solid #CCCCCC 1.0pt; padding:0in 0in 0in 6.0pt; margin-left:4.8pt; margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Kurt,</p>
<p class="MsoNormal">I'm running grid/collection stitching with the Filename defined<br>
position option, and pointing it to a folder of tif stacks with the<br>
naming convention<br>
tumor_grid_animal04_2_MMStack_1-Pos_{xxx}_{yyy}.ome.tif and the<br>
stitching plugin reports that it opens each stack separately, so I<br>
think that's working OK?</p>
<p class="MsoNormal">What happens if you select "Positions from file" for the Type, and "Defined<br>
by image metadata" for the Order?<br>
<br>
I will also reiterate my previous question:</p>
<p class="MsoNormal">If you run File > Import > Bio-Formats and point it at your<br>
Micro-Manager .txt file, does it properly detect all your stage<br>
positions?</p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Regards,<br>
Curtis<br>
<br>
<br>
On Thu, Oct 17, 2013 at 4:01 PM, Kurt Thorn <<a href="mailto:kurt.thorn@ucsf.edu" target="_blank">kurt.thorn@ucsf.edu</a>> wrote:</p>
</div>
</div>
<blockquote style="border:none; border-left:solid #CCCCCC 1.0pt; padding:0in 0in 0in 6.0pt; margin-left:4.8pt; margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">On 10/17/2013 1:41 PM, Curtis Rueden wrote:</p>
<p class="MsoNormal">Hi Kurt,<br>
<br>
  the final stitched image is composed of repeated copies of the first</p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">image stack</p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Grid/Collection stitching uses Bio-Formats to read the stage position<br>
information as well as the pixels. If you run File > Import > Bio-Formats<br>
and point it at your Micro-Manager .txt file, does it properly detect all<br>
your stage positions? Do they open correctly individually? If not, this is<br>
a Bio-Formats bug rather than a problem with the Stitching plugins.<br>
<br>
Regards,<br>
Curtis</p>
<p class="MsoNormal">I'm running grid/collection stitching with the Filename defined position<br>
option, and pointing it to a folder of tif stacks with the naming</p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">convention tumor_grid_animal04_2_MMStack_**1-Pos_{xxx}_{yyy}.ome.tif and</p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
the stitching plugin reports that it opens each stack separately, so I<br>
think that's working OK? But perhaps it's a more subtle interaction between<br>
BioFormats and the stitching plugin?<br>
<br>
Thanks,<br>
Kurt</p>
</div>
<blockquote style="border:none; border-left:solid #CCCCCC 1.0pt; padding:0in 0in 0in 6.0pt; margin-left:4.8pt; margin-right:0in">
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Oct 17, 2013 at 3:31 PM, Kurt Thorn <<a href="mailto:kurt.thorn@ucsf.edu" target="_blank">kurt.thorn@ucsf.edu</a>> wrote:<br>
<br>
  Hi All -</p>
</div>
<blockquote style="border:none; border-left:solid #CCCCCC 1.0pt; padding:0in 0in 0in 6.0pt; margin-left:4.8pt; margin-right:0in">
<div>
<p class="MsoNormal">I'm trying to stitch a set of Z-stacks acquired in Micro-Manager using<br>
the<br>
Grid/Collection stitching plugin in Fiji. Everything seems to work OK<br>
except that the final stitched image is composed of repeated copies of<br>
the<br>
first image stack in the set rather than stitching the actual stacks at<br>
each position.  However, the positions of these copies look like they are<br>
in the correct place for the locations of the actual tiles. Can anyone<br>
provide insight as to what may be going wrong? I've attached the log file<br>
and can provide more information as needed.<br>
<br>
Thanks,<br>
Kurt<br>
<br>
--</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">ImageJ mailing list: <a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.****html" target="_blank">
http://imagej.nih.gov/ij/list.****html</a><<a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.**html" target="_blank">http://imagej.nih.gov/ij/list.**html</a>></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><<a href="http://imagej.nih.gov/**ij/list.html" target="_blank">http://imagej.nih.gov/**ij/list.html</a><<a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.html" target="_blank">http://imagej.nih.gov/ij/list.html</a>><br>
  --</p>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">ImageJ mailing list: <a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.**html" target="_blank">
http://imagej.nih.gov/ij/list.**html</a><<a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.html" target="_blank">http://imagej.nih.gov/ij/list.html</a>><br>
<br>
<br>
</p>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">--<br>
ImageJ mailing list: <a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.**html" target="_blank">
http://imagej.nih.gov/ij/list.**html</a><<a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.html" target="_blank">http://imagej.nih.gov/ij/list.html</a>></p>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">--<br>
ImageJ mailing list: <a href="http://imagej.nih.gov/ij/list.html" target="_blank">
http://imagej.nih.gov/ij/list.html</a><br>
<br>
</p>
</div>
</blockquote>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> </p>
</div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</body>
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