<tt><font size=2>Sebastien Besson <s.besson@dundee.ac.uk> schrieb
am 22.08.2013 17:51:51:<br><br>> Von: Sebastien Besson <s.besson@dundee.ac.uk></font></tt><br><tt><font size=2>> <br>> Hi Mathias, </font></tt><br><tt><font size=2>> <br>> Assuming you are using 4.4.8 version (returned by <br>> loci.formats.FormatTools.VERSION), this may be bug.</font></tt><br><br><tt><font size=2>Actually I was using 4.4.6 although I downloaded it
yesterday.</font></tt><br><tt><font size=2>I downloaded 4.4.8 and could not reproduce the error.
This was </font></tt><br><tt><font size=2>however with a different image, so that it is not
exactly the same</font></tt><br><tt><font size=2>test.</font></tt><br><br><tt><font size=2>> How did you get this error: did you use one bfopen
on an image or a <br>> custom script? What type of file are you using?</font></tt><br><br><font size=2 face="sans-serif">The file tye is czi. The script that
I am using is a stripped bfopen, for retrieving the number of images in
the file.</font><br><font size=2 face="sans-serif">If there is an easier way to get the
image count I would like to know.</font><br><br><font size=2 face="sans-serif">In the end this number is used to read
the stack (could be multiple GB) in parts of 200 images.</font><br><br><font size=2 color=blue face="}">function</font><font size=2 face="}">[ result ] = bfGetNumberOfImages( id )</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% Modified bfopen by Matthias Pospiech
(Zeiss Microscopy)</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">%</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% There are advantages to using
the static approach over javaaddpath:</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">%     1. If you use bfopen
within a loop, it saves on overhead</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">%        to
avoid calling the javaaddpath command repeatedly.</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">%     2. Calling 'javaaddpath'
may erase certain global parameters.</font><br><font size=2 face="}">autoloadBioFormats = 1;</font><br><font size=2 face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% Toggle the stitchFiles flag to
control grouping of similarly</font><br><font size=2 color=#3f803f face
="}">% named files into a single dataset
based on file numbering.</font><br><font size=2 face="}">stitchFiles = 0;</font><br><font size=2 face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% To work with compressed Evotec
Flex, fill in your LuraWave license code.</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">%lurawaveLicense = 'xxxxxx-xxxxxxx';</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% -- Main function - no need to
edit anything past this point --</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% load the Bio-Formats library
into the MATLAB environment</font><br><font size=2 face="}">status = bfCheckJavaPath(autoloadBioFormats);</font><br><font size=2 face="}">assert(status, [</font><font size=2 color=#8100ff face="}">'Missing
Bio-Formats library. Either add loci_tools.jar '</font><font size=2 color=blue face="}">...</font><br><font size=2 face="}">    </font><font size=2 color=#8100ff face="}">'to
the static Java path or add it to the Matlab path.'</font><font size=2 face="}">]);</font><br><font size=2 face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% Prompt for a file if not input</font><br><font size=2 color=blue face="}">if</font><font size=2 face="}"> nargin
== 0 || exist(id, </font><font size=2 color=#8100ff face="}">'file'</font><font size=2 face="}">)
== 0</font><br><font size=2 face="}">  [file, path] = uigetfile(bfGetFileExtensions,
</font><font size=2 color=#8100ff face="}">'Choose a file to open'</font><font size=2 face="}">);</font><br><font size=2 face="}">  id = [path file];</font><br><font size=2 face="}">  </font><font size=2 color=blue face="}">if</font><font size=2 face="}">isequal(path, 0) || isequal(file, 0), </font><font size=2 color=blue face="}">return</font><font size=2 face="}">;
</font><font size=2 color=blue face="}">end</font><br><font size=2 color=blue face="}">end</font><br><font size=2 color=blue face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% initialize logging</font><br><font size=2 face="}">loci.common.DebugTools.enableLogging(</font><font size=2 color=#8100ff face="}">'OFF'</font><font size=2 face="}">);
</font><font size=2 color=#3f803f face="}">% INFO</font><br><font size=2 color=#3f803f face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% Get the channel filler</font><br><font size=2 face="}">r = bfGetReader(id, stitchFiles);</font><br><font size=2 face="}"> </font><br><font size=2 color=#3f803f face="}">% Test plane size</font><br><font size=2 color=blue face="}">if</font><font size=2 face="}"> nargin
>=4</font><br><font size=2 face="}">    planeSize = loci.formats.FormatTools.getPlaneSize(r,
varargin{3}, varargin{4});</font><br><font size=2 color=blue face="}">else</font><br><font size=2 face="}">    planeSize = loci.formats.FormatTools.getPlaneSize(r);</font><br><font size=2 color=blue face="}">end</font><br><font size=2 color=blue face="}"> </font><br><font size=2 color=blue face="}">if</font><font size=2 face="}"> planeSize/(1024)^3
>= 2,</font><br><font size=2 face="}">    error([</font><font size=2 color=#8100ff face="}">'Image
plane too large. Only 2GB of data can be extracted '</font><font size=2 color=blue face="}">...</font><br><font size=2 face="}">        </font><font size=2 color=#8100ff face="}">'at
one time. You can workaround the problem by opening '</font><font size=2 color=blue face="}">...</font><br><font size=2 face="}">        </font><font size=2 color=#8100ff face="}">'the
plane in tiles.'</font><font size=2 face="}">]);</font><br><font size=2 color=blue face="}">end</font><br><font size=2 color=blue face
="}"> </font><br><font size=2 face="}">numSeries = r.getSeriesCount();</font><br><font size=2 face="}">result = cell(numSeries, 1);</font><br><font size=2 color=blue face="}">for</font><font size=2 face="}"> s
= numSeries</font><br><font size=2 face="}">    fprintf(</font><font size=2 color=#8100ff face="}">'Reading
series #%d'</font><font size=2 face="}">, s);</font><br><font size=2 face="}">    r.setSeries(s - 1);</font><br><font size=2 face
="}">    numImages = r.getImageCount();</font><br><font size
=2 face="}">    </font><br><font size=2 face="}">    </font><font size=2 color=#3f803f face="}">%
save images and metadata into our master series list</font><br><font size=2 face="}">    result{s} = numImages;</font><br><font size
=2 color=blue face="}">end</font><br><font size=2 face="}">r.close();</font><br><br><br><font size=2 face="sans-serif">Matthias Pospiech<br></font><font face="sans-serif"><font size="1" face="Times New Roman">
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