<p dir="ltr">Hi Sam,</p>
<p dir="ltr">We recently added an "invert Y axis coordinates" option (and one for X as well) to the Stitching plugins. Did you try that?</p>
<p dir="ltr">The Fiji Grid/Collection Stitching plugin, in case you haven't tried it, uses Bio-Formats and is much more powerful than the BF Importer's basic stitching feature.</p>
<p dir="ltr">Regards,<br>
Curtis<br>
</p>
<div class="gmail_quote">On Jun 16, 2013 12:01 PM, "Sam Lord" <<a href="mailto:sjlord@berkeley.edu">sjlord@berkeley.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div>Importing stacks from Micro-Manager works well using Bio-Formats Importer, and the stacks option seems to read location directly from metadata. The only issue I have is that my camera must be rotated 180 degrees, because the columns stitch together well, but each row is upside-down. </div>
<div><br></div><div><div>I tried importing the stack, flipping, exporting, then reimorting, but something must have gotten lost in the metadata in that maneuver. </div></div><div><br></div><div><div>Any chance there is a simple way to tell the stitching that the images are flipped? </div>
</div><div><br>-Sam</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div>