<div dir="ltr">Hi Allon,<div><br></div><div style>I am CCing the ome-users list, which is the best place to ask Bio-Formats questions.</div><div style><br></div><div style><div>> I just started using your matlab functions with loci-tools.jar. Thanks</div>

<div>> for making a wonderful tool!</div><div><br></div><div style>Glad to hear it is working for you.</div><div><br></div></div><div style><div>> I noticed a problem, which I suspect has a quick fix. When loading</div>

<div>> multiple series from a .lif file with bfopen, the image "labels" do</div><div>> not include the original series title. Instead, the bfopen script</div><div>> creates a "meaningful" label that includes information such as "series</div>

<div>> 1/23", but not the actual series label.</div><div><br></div><div>Indeed, it happens here:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v4.4.8/components/bio-formats/matlab/bfopen.m#L200">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v4.4.8/components/bio-formats/matlab/bfopen.m#L200</a></div>

<div><br></div><div>> This is clearly a matlab-implementation specific issue, because the</div><div>> series names are correctly recognized in the imageJ importer.</div><div><br></div><div>Right.</div><div><br></div>

<div>> I wonder whether you can suggest a quick hack to add this information?</div><div>> I tried looking up a user guide for loci-tools.jar, to see what</div><div>> command might retrieve the series names. But I couldn't find any</div>

<div>> information.</div><div><br></div><div>Sure, the code would be something like:</div><div><br></div><div># override label with series name, if available</div><div>imageName = r.getMetadataStore().getImageName(i);</div>

<div>if imageName ~= ""</div><div>  label = imageName;</div><div>end</div><div><br></div><div>But I have not tested this, so it may need minor tweaking.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 13, 2013 at 9:13 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:allon_klein@hms.harvard.edu" target="_blank">allon_klein@hms.harvard.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Allon Klein sent a message using the contact form at <a href="http://loci.wisc.edu/contact" target="_blank">http://loci.wisc.edu/contact</a>.<br>


<br>
Hi,<br>
<br>
I just started using your matlab functions with loci-tools.jar. Thanks for making a wonderful tool!<br>
<br>
I noticed a problem, which I suspect has a quick fix. When loading multiple series from a .lif file with bfopen, the image "labels" do not include the original series title. Instead, the bfopen script creates a "meaningful" label that includes information such as "series 1/23", but not the actual series label.<br>


<br>
This is clearly a matlab-implementation specific issue, because the series names are correctly recognized in the imageJ importer.<br>
<br>
For me having the series names is critical, since each series refers to a different condition and the details are stored in the names.<br>
<br>
I wonder whether you can suggest a quick hack to add this information? I tried looking up a user guide for loci-tools.jar, to see what command might retrieve the series names. But I couldn't find any information.<br>


<br>
Thanks very much, in advance, for your help!<br>
<br>
Best wishes,<br>
Allon Klein<br>
Systems Biology<br>
Harvard Medical School<br>
</blockquote></div><br></div>