<div dir="ltr">Hi Lewis,<div><br></div><div><div>> Where can I find this time information for each image plane in the</div><div>> .nd2 files?</div><div><br></div><div>It is best to extract the timestamp information from the OME metadata (specifically: OME > Image > Pixels > Plane > DeltaT), since it has been standardized to a format-agnostic structure. Then you won't have to worry about whether your file is .lsm or .nd2 or etc.</div>


<div><br></div><div>If the information is not present in the OME metadata, then it means Bio-Formats is not parsing and standardizing that information properly. In that case, if you send us a sample file (via <a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/</a>), we can work on fixing the problem.</div>


<div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 31, 2013 at 2:35 PM, Kraft, Lewis James <span dir="ltr"><<a href="mailto:lewis.j.kraft@vanderbilt.edu" target="_blank">lewis.j.kraft@vanderbilt.edu</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I am want to read the Nikon .nd2 image file using loci_tools.jar for MATLAB.  I have successfully imported the image data using loci_tools.jar with the following MATLAB commands:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd">imgdata=bfopen(‘fullfilepath\*.nd2’); %command for opening images using BioFormats MATLAB scripts<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd">img=imgdata{1,1}{1,1}; %First image in the timeseries<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd">metadata=imgdata{1,2}; %Metadata in the .nd2 file<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#4f81bd">omeMeta = imgdata{1, 4}; %OME Metadata<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">The Image data, and the OME metadata look fine.  However, the original metadata is missing the time information.  For example, when opening Zeiss .lsm files, I see the time information in metadata as, “*TimeStamp*,*TimeStamp*,…”.  Where
 can I find this time information for each image plane in the .nd2 files?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks much,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Lewis Kraft<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>