<div dir="ltr"><div><div>Hi Andrew,<br><br></div>I am CCing the ome-users mailing list, which is the best place to go for Bio-Formats issues.<br><br>> However, recently after an update, the LOCI tools do not seem to work<br>

> at all for any function.  Specifically I want to export .tif stacks to<br>> .mov, but receive the following error:<br><br></div><div>Unfortunately, it seems the current release version of Bio-Formats has some bugs when saving as QT.<br>

<br></div><div>1) If you attempt to export an RGB Color image, you get the exception you mention.<br></div><div><br>2) Exporting an 8-bit grayscale image succeeds, but QuickTime Player is unable to read the output movie (at least on OS X 10.8.3). You can, however, read it back into ImageJ using Bio-Formats.<br>

</div><div><br></div><div>3) Running "Make Composite" on an RGB Color image, and then exporting it, succeeds but produces a file with three times as many timepoints, and only a single channel. And it also cannot be read by QuickTime Player.<br>

</div><div><br></div><div>We will keep you posted on any progress in fixing these issues.<br></div><div><br></div><div>Regards,<br>Curtis<br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 28, 2013 at 12:42 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:ajauregui@lrri.org" target="_blank">ajauregui@lrri.org</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Andrew Jauregui sent a message using the contact form at <a href="http://loci.wisc.edu/contact" target="_blank">http://loci.wisc.edu/contact</a>.<br>


<br>
Dear LOCI:<br>
As a microscopist, I am an avid user of FIJI.  However, recently after an update, the LOCI tools do not seem to work at all for any function.  Specifically I want to export .tif stacks to .mov, but receive the following error:<br>


<br>
(Fiji Is Just) ImageJ 1.47q; Java 1.6.0_45 [64-bit]; Mac OS X 10.6.8; 34MB of 7995MB (<1%)<br>
<br>
java.lang.reflect.<u></u>InvocationTargetException<br>
        at sun.reflect.<u></u>NativeMethodAccessorImpl.<u></u>invoke0(Native Method)<br>
        at sun.reflect.<u></u>NativeMethodAccessorImpl.<u></u>invoke(<u></u>NativeMethodAccessorImpl.java:<u></u>39)<br>
        at sun.reflect.<u></u>DelegatingMethodAccessorImpl.<u></u>invoke(<u></u>DelegatingMethodAccessorImpl.<u></u>java:25)<br>
        at java.lang.reflect.Method.<u></u>invoke(Method.java:597)<br>
        at ij.Command.runPlugIn(Command.<u></u>java:148)<br>
        at ij.Command.runCommand(Command.<u></u>java:97)<br>
        at ij.Executer.run(Executer.java:<u></u>64)<br>
        at java.lang.Thread.run(Thread.<u></u>java:680)<br>
Caused by: java.lang.<u></u>IllegalArgumentException: ZCT size vs image count mismatch (sizeZ=61, sizeC=3, sizeT=1, total=61)<br>
        at loci.formats.FormatTools.<u></u>getZCTCoords(FormatTools.java:<u></u>424)<br>
        at loci.plugins.out.Exporter.run(<u></u>Exporter.java:556)<br>
        at loci.plugins.LociExporter.run(<u></u>LociExporter.java:77)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<u></u>processOneImage(<u></u>PlugInFilterRunner.java:262)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<init>(<u></u>PlugInFilterRunner.java:111)<br>
        at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:<u></u>196)<br>
        at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:160)<br>
        ... 8 more<br>
<br>
What might I need to do to restore functionality to this plugin?<br>
<br>
Sincerely,<br>
Andrew<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>