
<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>Hi,<br/>

<br/>

there seem to be a few problems when trying to open .czi files that spread over multiple files.<br/>

<br/>

Multi-file .czis are named<br/>

mf.czi<br/>

mf (1).czi<br/>

mf (2).czi<br/>

...<br/>

(the space between the name and the brackets may be omitted)<br/>

<br/>

The main file mf.czi is quite empty except for the meta information (400kb). The numbered part files are valid on their own, except that they only contain some of the image information.<br/>

In my case, I have one file for each area that I’ve imaged (138mb each).<br/>

<br/>

I am pretty sure that each file contains the same xml meta information describing the whole experiment. That means that the meta information describes more than each of the numbered part files contain.<br/>

<br/>

This property seems to create three problems:<br/>

When opening numbered part file that would fit my memory, Fiji was complaining that does not fit there. I assume that is because Fiji calculates the space requirements for the whole set of images instead. Unfortunately, I can’t provide an example file right away, as the one I have is about 1 TB in total…<br/>

<br/>

Interestingly, Fiji can open the numbered part files when I tell it to stitch the tiles before showing them.<br/>

<br/>

<br/>

The second problem is that when I open a numbered part file, the channels seem to be multiply assigned. The image does not change between the channels.<br/>

<br/>

A relatively small set of images (the one with 2x 138mb) shows this error. It has the expected dimensions:<br/>

t2, z2, c4, and 8 tiles spread over 2 scenes (2x2 tiles for each scene). Each file contains one scene and each tile should be 1004x1002 (x/y) pixels.<br/>

<br/>

<br/>

Third, If I try to open the small main file I get the following error:<br/>

<br/>

java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 0, Size: 0<br/>

at java.util.ArrayList.RangeCheck(ArrayList.java:547)<br/>

at java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:322)<br/>

at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:386)<br/>

at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1183)<br/>

at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:482)<br/>

at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:146)<br/>

at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)<br/>

at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)<br/>

at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)<br/>

(...)<br/>

<br/>

For the second and third test I used the most recent version of Fiji with a bio-formats 4.4.9 snapshot. For the first test, Fiji was not older than maybe a month from now.<br/>

I can upload the image an FTP when needed.<br/>

<br/>

<br/>

Oh and before I forget it: when reading .czi files, bio-formats is complaining about a few segments that it doesn’t know. I guess that’s okay as long as that’s an exotic feature. But if the segment is called "DELETED", it should be skipped silently.<br/>

<br/>

<br/>

Best,<br/>

Lorenz</div></div></body></html>