Dear Bio-Formats Team,<br><br>I have a problem using the Bio-Formats Exporter in ImageJ.<br><br>When I
 load several dozen .lsm files and concatenate them in ImageJ, I try to 
export this concatenated image using the Bio-Formats Exporter. I get the
 following error message:<br>
loci.formats.FormatException: File is too large; call setBigTiff(true)<br>    at loci.formats.out.TiffWriter.prepareToWriteImage(TiffWriter.java:294)<br>    at loci.formats.out.TiffWriter.saveBytes(TiffWriter.java:184)<br>

    at loci.formats.out.OMETiffWriter.saveBytes(OMETiffWriter.java:201)<br>    at loci.formats.out.OMETiffWriter.saveBytes(OMETiffWriter.java:187)<br>    at loci.formats.FormatWriter.saveBytes(FormatWriter.java:136)<br>    at loci.plugins.out.Exporter.run(Exporter.java:571)<br>

    at loci.plugins.LociExporter.run(LociExporter.java:77)<br>    at ij.plugin.filter.PlugInFilterRunner.processOneImage(PlugInFilterRunner.java:256)<br>    at ij.plugin.filter.PlugInFilterRunner.<init>(PlugInFilterRunner.java:105)<br>

    at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:187)<br>    at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:152)<br>    at ij.Executer.runCommand(Executer.java:127)<br>    at ij.Executer.run(Executer.java:64)<br>    at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)<br>

<br>This is because the concatenated image has a file size greater 
than 4 GB. Isn't the exporter supposed to set the bigTIFF format in case
 this happens? It does export the image in the end, but not the whole 
image, only the stacks up to 4 GB size. So I am missing the rest of the 
stacks. The same error message appears when I use OME-TIFF files converted (in ZEN2011) from .lsm files.<br>
<br>I also converted the .lsm files to normal TIFFs, concatenated them into one file and tried to use the exporter. I got a different error message:<br>java.lang.IllegalArgumentException: ZCT size vs image count mismatch (sizeZ=169, sizeC=3, sizeT=1, total=169)<br>

    at loci.formats.FormatTools.getZCTCoords(FormatTools.java:424)<br>    at loci.plugins.out.Exporter.run(Exporter.java:544)<br>    at loci.plugins.LociExporter.run(LociExporter.java:77)<br>    at ij.plugin.filter.PlugInFilterRunner.processOneImage(PlugInFilterRunner.java:256)<br>

    at ij.plugin.filter.PlugInFilterRunner.<init>(PlugInFilterRunner.java:105)<br>    at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:187)<br>    at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:152)<br>    at ij.Executer.runCommand(Executer.java:127)<br>

    at ij.Executer.run(Executer.java:64)<br>    at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)<br><br>When
 I open Image/Properties in ImageJ for this image, it clearly states that number of Z 
is 169, time series is 1 and number of channels is 1. So I do not know 
why is the exporter reading this information wrongly.<br>
<br>So whichever file format I use, .lsm, normal TIFF or OME-TIFF microscopy files, I can't seem to export them into one concatenated OME-TIFF file. Any help with this would be greatly appreciated.<br><br>Kind regards,<br clear="all">
Mario<br>