<div dir="ltr">---------- Forwarded message ----------<br><div class="gmail_quote">From: Mario Novkovic <b class="gmail_sendername"></b><span dir="ltr"><<a href="mailto:novkovic.mario@gmail.com">novkovic.mario@gmail.com</a>></span><br>

Date: Tue, Apr 9, 2013 at 9:14 AM<br>Subject: ImageJ LOCI Bio-Formats Exporter<br><br>I have a problem using the Bio-Formats Exporter in ImageJ.<br>
<br>
When I load several dozen .lsm files and concatenate them in ImageJ, I try to export this concatenated image using the Bio-Formats Exporter. I get the following error message:<br>
loci.formats.FormatException: File is too large; call setBigTiff(true)<br>
        at loci.formats.out.TiffWriter.<u></u>prepareToWriteImage(<u></u>TiffWriter.java:294)<br>
        at loci.formats.out.TiffWriter.<u></u>saveBytes(TiffWriter.java:184)<br>
        at loci.formats.out.<u></u>OMETiffWriter.saveBytes(<u></u>OMETiffWriter.java:201)<br>
        at loci.formats.out.<u></u>OMETiffWriter.saveBytes(<u></u>OMETiffWriter.java:187)<br>
        at loci.formats.FormatWriter.<u></u>saveBytes(FormatWriter.java:<u></u>136)<br>
        at loci.plugins.out.Exporter.run(<u></u>Exporter.java:571)<br>
        at loci.plugins.LociExporter.run(<u></u>LociExporter.java:77)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<u></u>processOneImage(<u></u>PlugInFilterRunner.java:256)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<init>(<u></u>PlugInFilterRunner.java:105)<br>
        at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:<u></u>187)<br>
        at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:152)<br>
        at ij.Executer.runCommand(<u></u>Executer.java:127)<br>
        at ij.Executer.run(Executer.java:<u></u>64)<br>
        at java.lang.Thread.run(Thread.<u></u>java:619)<br>
<br>
This is because the concatenated image reaches a file size greater than 4 GB. Isn't the exporter supposed to set the bigTIFF format in case this happens? It does export the image in the end, but not the whole image, only the stacks up to 4 GB size. So I am missing the rest of the stacks.<br>


<br>
When I try to do this with a multi-TIFF image created from the .lsm files, I get another error message:<br>
java.lang.<u></u>IllegalArgumentException: ZCT size vs image count mismatch (sizeZ=169, sizeC=3, sizeT=1, total=169)<br>
        at loci.formats.FormatTools.<u></u>getZCTCoords(FormatTools.java:<u></u>424)<br>
        at loci.plugins.out.Exporter.run(<u></u>Exporter.java:544)<br>
        at loci.plugins.LociExporter.run(<u></u>LociExporter.java:77)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<u></u>processOneImage(<u></u>PlugInFilterRunner.java:256)<br>
        at ij.plugin.filter.<u></u>PlugInFilterRunner.<init>(<u></u>PlugInFilterRunner.java:105)<br>
        at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:<u></u>187)<br>
        at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:152)<br>
        at ij.Executer.runCommand(<u></u>Executer.java:127)<br>
        at ij.Executer.run(Executer.java:<u></u>64)<br>
        at java.lang.Thread.run(Thread.<u></u>java:619)<br>
<br>
When I open Image/Properties in ImageJ, it clearly states that number of Z is 169, time series is 1 and number of channels is 1. So I do not know why is the exporter reading this information wrongly.<br>
<br>
Overall, what I want to do is export the large microscopy stacks image (over 4 GB) into OME-TIFF format so I can load it into Imaris software.<br>
<br>
Kind regards<br>
</div><br></div>