
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-8-i">

<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">

<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>

</head>

<body>

<div>

<div>

<div>Dear Melissa </div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks for your answer.</div>

<div>Is there a way to use bfconvert or other utility to extract automatically all the tiles into different files?</div>

<div>The tile size is written in the file.</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks,</div>

<div>Ofra</div>

<div><br>

</div>

<div>PS:I tried to send this question to the mailing list a week ago but it didn't get through.</div>

<div><br>

</div>

</div>

<br>

Melissa Linkert <melissa@glencoesoftware.com> КЗА:<br>

</div>

<font size="2"><span style="font-size:10pt;">

<div class="PlainText">Hi Ofra,<br>

<br>

> I have a huge tiled tif files which was created by saving scan of whole slide histology from Panoramic Viewer software.<br>

> I can read the file using LOCI-Importer in Fiji, but I want to extract the individual tiles instead of the huge stitched image for further processing.<br>

> <br>

> Using bfconvert (using -separate) I can only split the 3 channels of the image, but not the tiles.<br>

> What flags do I need to use in order to get (all) the individual tiles ?<br>

<br>

The '-crop x,y,w,h' flag should do this, so to extract the<br>

upper-left-most 512x512 tile you would do something like this:<br>

<br>

$ bfconvert -crop 0,0,512,512 input-file.tiff output-file.tiff<br>

<br>

In Fiji/ImageJ, you can also open tiles by selecting the "Crop on import"<br>

option.<br>

<br>

Regards,<br>

-Melissa<br>

<br>

P.S. For future, it is a little better to ask this sort of question on<br>

the ome-users mailing list (in CC):<br>

<br>

<a href="http://www.openmicroscopy.org/site/community/mailing-lists">http://www.openmicroscopy.org/site/community/mailing-lists</a><br>

<br>

as that ensures a response even if I am away.<br>

<br>

On Sun, Jan 27, 2013 at 01:11:09PM +0000, Ofra Golani wrote:<br>

> Dear Melissa,<br>

> <br>

> I have a huge tiled tif files which was created by saving scan of whole slide histology from Panoramic Viewer software.<br>

> I can read the file using LOCI-Importer in Fiji, but I want to extract the individual tiles instead of the huge stitched image for further processing.<br>

> <br>

> Using bfconvert (using -separate) I can only split the 3 channels of the image, but not the tiles.<br>

> What flags do I need to use in order to get (all) the individual tiles ?<br>

> <br>

> I'm attaching small example file.<br>

> <br>

> Thanks,<br>

> Ofra Golani<br>

> <br>

> BioImaging Informatics<br>

> Biological Services Unit<br>

> Weizmann Institute of Science<br>

> Tel: +972-8-934-5177<br>

> ofra.golani@weizmann.ac.il<mailto:ofra.golani@weizmann.ac.il><br>

> <a href="http://bioservices.weizmann.ac.il/bioinformatics/about.html">http://bioservices.weizmann.ac.il/bioinformatics/about.html</a><br>

> <a href="http://www.weizmann.ac.il/vet/IC/informatics">http://www.weizmann.ac.il/vet/IC/informatics</a><br>

> <br>

<br>

<br>

</div>

</span></font>

</body>

</html>