---------- Forwarded message ----------<br><div class="gmail_quote">From: <b class="gmail_sendername">Bergson, Clare</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu">CBERGSON@georgiahealth.edu</a>></span><br>

Date: Tue, Dec 4, 2012 at 2:44 PM<br>Subject: Fwd: a couple of questions on LOCI<br>To: Curtis Rueden <<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu">ctrueden@wisc.edu</a>><br><br><br>



<div>
<div style="word-wrap:break-word">hi Curtis, please find attached the apl files in question. Thanks so much for helping me with this.  do you want me to send one of the tif files. it is ~1GB... i could transfer it to dropbox...thanks! clare<br>


<div><br>
<div>Begin forwarded message:</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">
<span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium"><b>From: </b></span><span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium">"Bergson, Clare" <<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">CBERGSON@georgiahealth.edu</a>><br>


</span></div>
<div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">
<span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium"><b>Re: a couple of questions on LOCI</b><br>
</span></div>
<div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">
<span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium"><b>Date: </b></span><span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium">November 29, 2012 11:34:57 AM EST<br>
</span></div>
<div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">
<span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium"><b>To: </b></span><span style="font-family:'Helvetica';font-size:medium">Philip Smith <<a href="mailto:PJS704@bham.ac.uk" target="_blank">PJS704@bham.ac.uk</a>><br>


</span></div>
<br>
<div>
<div><font><span style="font-size:10pt">
<div>hi Philip, super and thanks for being so generous with your time. Please find my apl, ldb, and mtb files attached. All are under 200 kb. I don't know why there are so many ldb files??? but i do remember backing up the data a few times
 just to make sure....ha ha...hope it can be opened! :-) The data might still be on one of the hard drives of the Olympus....Also, Guilio kindly offered to back it up onto his portable drive, so perhaps he has it.  Anyway, THANK YOU!!!!! clare 
</div>
</span></font></div>
<div><font><span style="font-size:10pt">
<div><br>
On Nov 29, 2012, at 4:36 AM, Philip Smith wrote:<br>
<br>
> Hi Clare,<br>
> <br>
> What size are your .apl files? The ones I have are only a couple of hundred kilobytes, which definitely isn't big enough to hold images... Do you remember what folder you took all of your files from? If I can end up with the same thing as you on my computer
 then I'll be able to work through it all with you.<br>
> <br>
> The other thing to try is to reveal all the hidden files- I think I encountered this problem at one point.
<br>
> To show hidden files, just click on the Organize button in any folder, and then select “Folder and Search Options” from the menu. Click the View tab, and then you should select “Show hidden files and folders” in the list. Just select that, and click OK. That
 should reveal all the .tif files if the Olympus computer had them all set to 'hidden'.<br>
> <br>
> Let me know if that helps at all, if not I'll try something else!<br>
> <br>
> Best,<br>
> Phil<br>
> ----------------------------------------------------------------------------------------------<br>
> <br>
> Philip Smith<br>
> PSIBS Doctoral Training Centre<br>
> School of Chemistry<br>
> University of Birmingham<br>
> Birmingham<br>
> B15 2TT<br>
> <br>
> ________________________________________<br>
> From: Bergson, Clare [<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">CBERGSON@georgiahealth.edu</a>]<br>
> Sent: Wednesday, November 28, 2012 11:14 PM<br>
> To: Philip Smith<br>
> Subject: Re: a couple of questions on LOCI<br>
> <br>
> Hi Phil, what's involved in unpacking the .apl databases into sets of tif files? thanks, clare<br>
> On Nov 27, 2012, at 5:15 AM, Philip Smith wrote:<br>
> <br>
>> Hi Clare,<br>
>> <br>
>> Sorry it's taken me a while to reply! Are you managing to access your images successfully, or are you having problems with those as well as the .apl, .mtb and .tnb files? I only open my images with ImageJ you see, but I will have a go at getting into these
 other ones!<br>
>> <br>
>> Best,<br>
>> <br>
>> Phil<br>
>> <br>
>> ----------------------------------------------------------------------------------------------<br>
>> <br>
>> Philip Smith<br>
>> PSIBS Doctoral Training Centre<br>
>> School of Chemistry<br>
>> University of Birmingham<br>
>> Birmingham<br>
>> B15 2TT<br>
>> ________________________________<br>
>> From: William Pitkeathly [<a href="mailto:WTP628@bham.ac.uk" target="_blank">WTP628@bham.ac.uk</a>]<br>
>> Sent: Friday, November 16, 2012 7:00 PM<br>
>> To: Bergson, Clare<br>
>> Cc: <a href="mailto:pjs704@bham.ac.uk" target="_blank">pjs704@bham.ac.uk</a><br>
>> Subject: RE: a couple of questions on LOCI<br>
>> <br>
>> Hi Clare,<br>
>> <br>
>> Sorry for the delayed reply.<br>
>> <br>
>>> One question is of the saved  .apl, .mtb, or .tnb files, which one do i ask it to import?<br>
>> <br>
>> These files are the ones which Olympus generates I think.. Im not 100% sure which are which but you can usually work out which ones contain the images as they are the largest in size. So try opening those with LOCI to get the images out. I think the other
 files are to do with the experimental settings. I am not too familiar with the Olympus setup (I just use the nikon), so phil (CCd)  might have a batter idea.<br>
>> <br>
>>> What boxes do I check to open the database?<br>
>> <br>
>> try checking "Open files individually", this usually gives you a list of images with check boxes so you can choose which ones you want to load.<br>
>> <br>
>> I think this might do the trick, if Phil could you tell Clare how to do this.<br>
>> <br>
>> Regards,<br>
>> <br>
>> Eric<br>
>> <br>
>> <br>
>> <br>
>> <br>
>> <br>
>> ________________________________<br>
>> From: Bergson, Clare [<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">CBERGSON@georgiahealth.edu</a>]<br>
>> Sent: Thursday, November 15, 2012 2:28 PM<br>
>> To: William Pitkeathly<br>
>> Subject: a couple of questions on LOCI<br>
>> <br>
>> hi Eric, hope your day is going well....LOCI is running as a plugin on Image J on my computer.  One question is of the saved  .apl, .mtb, or .tnb files, which one do i ask it to import? Another question is on the '[cid:<a href="mailto:2E90963B-0A1E-4597-ACC0-BA68E7B3B389@georgiahealth.edu" target="_blank">2E90963B-0A1E-4597-ACC0-BA68E7B3B389@georgiahealth.edu</a>]BioFormats
 Import Options' screen (see attached).  What boxes do i check to open the database? Finally, is there a way to go from opening the database to opening a particular image series (experiment)? If so, how? Thanks so much for your help, and please say 'hi' to
 everyone there for me....clare<br>
>> On Nov 6, 2012, at 9:07 AM, William Pitkeathly wrote:<br>
>> <br>
>> Hi Clare,<br>
>> <br>
>> In order to open the files you first need to install the LOCI tools plugin for imageJ. This can be downloaded from
<a href="http://loci.wisc.edu/bio-formats/imagej" target="_blank">http://loci.wisc.edu/bio-formats/imagej</a><br>
>> Basically you just download it and then place it in your plugins file for imageJ then restart imageJ. Then you should be able to open the Olympus files as if they were any other image.<br>
>> <br>
>> If you want to align the 2 channels for further analysis then let me know and ill send you the latest version to Auto-Align ASAP. I made some changes to it when you visited and havent tested it as a standalone plugin yet.<br>


>> <br>
>> Any other questions then just drop me an email.<br>
>> <br>
>> Kind Regards,<br>
>> <br>
>> Eric<br>
>> <br>
>> <br>
>> <br>
>> <br>
>> ________________________________________<br>
>> From: Bergson, Clare [<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">CBERGSON@georgiahealth.edu</a><<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu</a>>]<br>


>> Sent: Monday, November 05, 2012 8:48 PM<br>
>> To: <a href="mailto:wtp628@bham.ac.uk" target="_blank">wtp628@bham.ac.uk</a><<a href="mailto:wtp628@bham.ac.uk" target="_blank">mailto:wtp628@bham.ac.uk</a>><br>
>> Subject: opening olympus TIRF files in Image J?<br>
>> <br>
>> hi Eric, I hope this email finds you well. blast from the recent past!  Finally, i'm ready to start analyzing the TIRF data collected at the end of September with Guilio. It would be great if you could let me know how to open the Olympus database files in
 Image J....did once as soon as i got back but to no avail....Thanks so much, Clare<br>
>> <br>
> <br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<blockquote type="cite"></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</div><br>