Hi Clare,<div><br></div><div>> And LOCI sill cannot read the metadata in the apl file so i have no</div><div>> idea which experiment is in each tif file!</div><div><br></div><div>Can you please use the Help > Upload Sample Image command of Fiji to upload the problematic data? You can ctrl+click the folder containing the dataset and choose "Compress" to create a ZIP file which can be uploaded. Then we can investigate the issue further.</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Curtis</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 4, 2012 at 1:10 PM, Bergson, Clare <span dir="ltr"><<a href="mailto:CBERGSON@georgiahealth.edu" target="_blank">CBERGSON@georgiahealth.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
dear Curtis, thanks so much for your reply. the issue might be that i'm using a mac computer. a colleague told me to look for the hidden tif files associated with the olympus apl database. i was able to see these hidden files on finder with a program i downloaded.
 however, LOCI doesn't see them even though the hidden files revealer program is open.  Any suggestions? And LOCI sill cannot read the metadata in the apl file so i have no idea which experiment is in each tif file! Any suggestions? thanks so much for looking
 into this.  all the best, clare <div><div class="h5"><br>
<div>
<div>On Nov 27, 2012, at 3:48 PM, Curtis Rueden wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite">Hi Clare,
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div>> What boxes do i check to open the database?</div>
<div><br>
</div>
<div>Bio-Formats will parse metadata from the database and store it in a simple table of key/value pairs known as the "original metadata" table. To see this table, check the "Display metadata" option, or run "Image > Show Info" from the menu after loading your
 image(s).</div>
<div><br>
</div>
<div>Bio-Formats also standardizes applicable metadata to the OME standard. Not all information will be standardized; only those things that have a place in the standard will be converted. To see the information in this standardized form, check the "Display
 OME-XML metadata" option.</div>
<div><br>
</div>
<div>For more about Bio-Formats metadata handling, see:</div>
<div>    <a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats/about.html" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats/about.html</a></div>
<div><br>
</div>
<div>> Finally, is there a way to go from opening the database to opening a</div>
<div>> particular image series (experiment)?</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>After clicking OK to the first dialog, Bio-Formats will present you with another dialog titled "Bio-Formats Series Options" in the event of multiple image series being detected (if there is only one series, it will simply open it). Using this second dialog
 box, you can select whichever series you wish to be opened.</div>
<div><br>
</div>
<div>Alternately, if you want them all to be opened, you can check the "Open all series" option on the first "Bio-Formats Import Options" dialog to bypass the second dialog box.</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">If Bio-Formats is missing metadata, or not reading your image pixels and/or series correctly, please let us know and we will be happy to investigate the issue.</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">Regards,</div>
<div class="gmail_extra">Curtis</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Mon, Nov 26, 2012 at 4:26 PM, Clare Bergson <span dir="ltr"><<a href="mailto:cbergson@georgiahealth.edu" target="_blank">cbergson@georgiahealth.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
LOCI is running as a plugin on Image J on my computer.  I'm trying to open .apl Olympus database and associated image files. One question is is on the 'BioFormats Import Options' screen.  What boxes do i check to open the database? Finally, is there a way to
 go from opening the database to opening a particular image series (experiment)? If so, how? If you have you successfully loaded an .apl file into Image J with LOCI, I would be most grateful for step by step instructions. thanks so much for your help. Clare<br>


</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div></div></div>

</blockquote></div><br></div>