<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi, </span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I am trying to write a simple custom importer which is essentially a wrap around the <span class="" style>linux</span> command line importer. My goal is to make sure that projects / <span class="" style>dataset</span> exist and create them if not. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Therefore I am trying figure out how to: </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
1. query <span class="" style>omero</span> to:  see if the project / <span class="" style>dataset</span> exist, if they do get the <span class="" style>dataset</span> id. </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
2. if they do not exist, create new ones, link them, and get the <span class="" style>dataset</span> id. </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">3. Link the <span class="" style>dataset</span> id to the experiment id I got from the image <span class="" style>metadata</span>. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">At this point I should be able to parse a call for the importer-<span class="" style>cli</span> that does everything I want to achieve.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I got lost in the OMERO api... if I understand correctly, I need to somehow ask whether the project / <span class="" style>dataset</span> exist using the <span class="" style>iQuery</span> service and potentially create new in the <span class="" style>IContainer</span> api. I couldn't figure out how to link my Experiment ID to a <span class="" style>dataset</span>. <br>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I am currently using the <span class="" style>matlab</span> api which is easiest for me... the plan is to rewrite it in java once I figure out what I'm doing and then move to a more elegant solution than system calls to importer-<span class="" style>cli</span>... </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I would really appreciate any pointers that could help me achieve the above three simple operations. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br><p style="margin:0px 0px 0.0001pt"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font color="#000000">Thanks! </font></font></p><p style="margin:0px 0px 0.0001pt">
<font face="arial, helvetica, sans-serif"><font color="#000000">Roy </font></font></p><p style="margin:0px 0px 0.0001pt"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p style="margin:0px 0px 0.0001pt"><font face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></p>
<p style="margin:0px 0px 0.0001pt"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Roy <span class="" style>Wollman</span>, PhD</font></p><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">University of California - San Diego<br></font></div>
<font face="arial, helvetica, sans-serif">Department Chemistry and Biochemistry & </font><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">San Diego Center for Systems Biology</span><p style="margin:0px 0px 0.0001pt">
<font face="arial, helvetica, sans-serif">Room 5202 Urey Hall, 9500 <span class="" style>Gilm</span>an Drive </font></p><p style="margin:0px 0px 0.0001pt"><font face="arial, helvetica, sans-serif">La <span class="" style>Jolla</span>, CA 92093-0356<br>
Lab Phone: <a value="+18582242249">858-224-2249</a><br>E-mail: <a href="mailto:rwollman@ucsd.edu" target="_blank"><span class="" style>rwollman</span>@<span class="" style>ucsd</span>.<span class="" style>edu</span></a><br>
<a href="http://wollmanlab.ucsd.edu/" target="_blank">http://<span class="" style>wollmanlab</span>.<span class="" style>ucsd</span>.<span class="" style>edu</span></a></font></p></div></div>