Hi Matthias,<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>since I have some problems with the itk bio-formats reader I decided to compile the Bio-Formats C++ bindings to read in the huge ome.tif files by myself. Maybe I will get around the problem of java trying to load the whole file into a memory array (using the itk BioFormatIO).</blockquote>

<div><br></div><div>So your plan is to load the data using calls through BF-CPP, then pass the resultant array to a new ITK image yourself? This could certainly work, but is a rather roundabout way of doing things. We were hoping such workarounds would be unnecessary with the BF-ITK plugin working properly. It is more involved to compile BF-CPP (which needs to link to Boost Thread and the Java JVM) than it is to build BF-ITK (which has no compile-time dependencies).</div>

<div><br></div><div>I will reply to your BF-ITK question in another thread, so hopefully we can get that sorted, and then you won't need to use BF-CPP for this.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<br>Now that I completed the compilation I am wondering if there is already a cmake find file for cmake project inclusion out there. I think it would not be that difficult to write one, but I'm not sure which files I need to include, since for example in the dist folder, there are a lot of jar files.</blockquote>

<div><br></div><div>Currently there is no CMake Find file. I am not an expert, but my understanding is that typically, a CMake Find script looks in various "install" locations across various platforms to find the necessary libraries. However, we do not provide a working "install" target for BF-CPP that puts the binaries into any specific location. So I am not sure how such a Find script would work in this case. Any ideas or suggestions would be welcome!<br>

<br>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 12, 2012 at 11:22 AM, Matthias Noll <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthias.noll@igd.fraunhofer.de" target="_blank">matthias.noll@igd.fraunhofer.de</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
since I have some problems with the itk bio-formats reader I decided to compile the Bio-Formats C++ bindings to read in the huge ome.tif files by myself. Maybe I will get around the problem of java trying to load the whole file into a memory array (using the itk BioFormatIO).<br>


<br>
Now that I completed the compilation I am wondering if there is already a cmake find file for cmake project inclusion out there. I think it would not be that difficult to write one, but I'm not sure which files I need to include, since for example in the dist folder, there are a lot of jar files. And I did not yet use a c++ library that is depending on jar's. If somebody already has a cmake find that I could use, I would be really glad to have it. If not, maybe someone can tell me what files are necessary to include in the project and what to do with the jar's and I will write a find file and post it here after it is finished.<br>


<br>
Hoping to receive some information on this.<br>
<br>
With best regards,<br>
Matthias<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<u></u>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<u></u>org.uk/mailman/listinfo/ome-<u></u>users</a><br>
</blockquote></div><br></div>