<div id=":2ok" class="ii gt adP adO" style><div id=":2wh">Hi--<div><br></div><div>When attempting to read a micromanager file using the bio-formats ImageJ plugin (v. 4.3.3 as well as the latest trunk build, running latest Fiji on ubuntu 12.04), I've encountered an exception with the stack trace included below.  I think this results from micromanager having created a metadata field with a value of only empty square brackets in the metadata.txt file.  I've attached a sample metadata.txt file (one of the empty fields is "CustomIntervals_ms": [] at line 47, e.g.); I'm happy to ftp the actual images to you as well, though they are too large to attach.</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Colin Fuller</div><div><br></div><div>Stack trace:</div><div><br></div><div><div>java.lang.reflect.InvocationTargetException</div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)</div><div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>at ij.Command.runPlugIn(Command.java:146)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>at ij.Command.runCommand(Command.java:95)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at ij.Executer.run(Executer.java:64)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:680)</div><div>Caused by: java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: -1</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at java.lang.String.substring(String.java:1937)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at loci.formats.in.MicromanagerReader.initFile(MicromanagerReader.java:285)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1072)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">       </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:481)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)</div><div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:125)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:77)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:79)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:185)</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:152)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">  </span>... 8 more</div></div><div><br></div><div class="yj6qo"></div></div></div><div id=":2tp" class="hq gt" style>
</div>