Hi Honglin,<br><br>I am forwarding your message to the OME-users mailing list.<br><br>-Curtis<br><br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername"></b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:honglin.zhang@hiphealth.ca">honglin.zhang@hiphealth.ca</a>></span><br>

Date: Wed, Apr 18, 2012 at 1:49 PM<br>Subject: [Software Feedback] a question on Matlab code to read Bio-Format<br>To: <a href="mailto:ctrueden@wisc.edu">ctrueden@wisc.edu</a><br><br><br>Honglin Zhang sent a message using the contact form at <a href="http://loci.wisc.edu/contact" target="_blank">http://loci.wisc.edu/contact</a>.<br>


<br>
Hello,<br>
<br>
I want to use your code for Matlab to read my data in Bio Format.  I downloaded bfopen, bfGetReader, bfGetPlane, and loci_tools.jar and saved them in the working directory according to the instructions.<br>
<br>
If I run bfGetReader first, there will be an error message says:<br>
??? Undefined variable "loci" or class "loci.common.DebugTools.<u></u>enableLogging".<br>
<br>
Error in ==> bfGetReader at 27<br>
loci.common.DebugTools.<u></u>enableLogging('INFO');<br>
<br>
If I run bfopen, a window will popped up and says "Matlab has encountered an internal problem and needs to close".  What do you think is the problem?<br>
<br>
Thank you very much!<br>
<br>
Cheers, Honglin<br>
<br>
</div><br>