<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Wingdings;
        panose-1:5 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Wingdings;
        panose-1:5 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.apple-converted-space
        {mso-style-name:apple-converted-space;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Wil,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Awesome! Looking forward to testing it out
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#1F497D">J</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Kind Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">--<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Christophe<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F">................................................................................<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="mso-margin-top-alt:3.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:3.0pt;margin-left:0in;mso-add-space:auto">
<b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Dipl.-Ing. Christophe TREFOIS</span></b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F"><br>
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">PhD Student<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="mso-margin-top-alt:3.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:3.0pt;margin-left:0in;mso-add-space:auto">
<i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Ing. Sys. Com. Dipl. EPF<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormalCxSpMiddle" style="mso-margin-top-alt:3.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:3.0pt;margin-left:0in;mso-add-space:auto">
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
<img width="37" height="38" id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.jpg@01CC529B.55B97DD0" alt="Description: cid:image001.jpg@01CACC35.07191DE0"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:3.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:6.0pt;margin-left:0in">
<span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Luxembourg Centre for Systems Biomedicine<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">UNIVERSITY OF LUXEMBOURG</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
</span><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">CAMPUS LIMPERTSBERG<br>
162a, avenue de la Faïencerie<br>
L-1511 Luxembourg<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:3.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:3.0pt;margin-left:0in">
<span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">T +352 46 66 44 6124<br>
F +352 46 66 44 6949<br>
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://www.uni.lu/" title="blocked::http://www.uni.lu/
http://www.uni.lu/"><span style="font-size:8.0pt;color:gray">www.lcsb.lu</span></a></span><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Will Moore [mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk]
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, August 03, 2011 10:59 PM<br>
<b>To:</b> Christophe TREFOIS<br>
<b>Cc:</b> ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-users] OME-TIF Batch Export<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Christophe,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">You are correct, only Dataset or Image are supported. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I'll look into supporting Screen or Plate export: <a href="http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/6401">http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/ticket/6401</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> Cheers,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">   Will. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On 3 Aug 2011, at 17:58, Christophe TREFOIS wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Will,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ok I will try the script. Thank you.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Am I correct to assume that Screen export is not yet implemented then ? So only images from projects are currently exportable?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Not even as “alpha” ?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">This just so I don’t rip out my hear when trying the script ^^</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Kind Regards,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F">................................................................................</span></b><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:3.0pt"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Dipl.-Ing. Christophe TREFOIS</span></b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F"><br>
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">PhD Student</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:3.0pt"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Ing. Sys. Com. Dipl. EPF</span></i><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
<image001.jpg></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:6.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Luxembourg Centre for Systems Biomedicine</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">UNIVERSITY OF LUXEMBOURG</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
</span><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">CAMPUS LIMPERTSBERG<br>
162a, avenue de la Faïencerie<br>
L-1511 Luxembourg</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">T +352 46 66 44 6124<br>
F +352 46 66 44 6949<br>
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://www.uni.lu/" title="blocked::http://www.uni.lu/ http://www.uni.lu/"><span style="font-size:8.0pt;color:gray">www.lcsb.lu</span></a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;border-width:initial;border-color:initial">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-width:initial;border-color:initial">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black"> </span></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black">Will
 Moore [<a href="mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk">mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk</a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Wednesday, August 03, 2011 6:05 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Christophe TREFOIS<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] OME-TIF Batch Export</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Hi Christophe,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">The OME-TIFF support in Batch_Image_Export.py should be in the next release. This will be later this year, but we haven't set a target date yet. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">You should be able to download the latest script and give it a go (click on 'raw' at the top of this page):<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="http://git.openmicroscopy.org/?p=ome.git;a=blob;f=components/tools/OmeroPy/scripts/omero/export_scripts/Batch_Image_Export.py;h=1df7b714586ea3c7ff6bfde17332bd1832c783b7;hb=develop">http://git.openmicroscopy.org/?p=ome.git;a=blob;f=components/tools/OmeroPy/scripts/omero/export_scripts/Batch_Image_Export.py;h=1df7b714586ea3c7ff6bfde17332bd1832c783b7;hb=develop</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Some warnings:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> - This has not been thoroughly tested yet, although it seems to work for me.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> - This has only been tested on the latest development server, although it "should" work on 4.3.1<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Try it in a "test" environment! Upload the script as a new script (don't replace your existing Batch_Image_Export). <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">More info on using scripts etc. <a href="http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/wiki/OmeroScripts">http://trac.openmicroscopy.org.uk/ome/wiki/OmeroScripts</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Let us know how this works for you, performance etc. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Cheers,<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> Will. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">On 3 Aug 2011, at 16:32, Christophe TREFOIS wrote:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Will,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Sure, that would be nice. Select a screen plate (in a dropdown) and then select wells, maybe I only want half the plate or 1 well or the whole plate.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">After that, a batch export would occur, creating say 1 OME-TIF per Field (since you can have more than 1 Field) per Well.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">It should obviously not kill the Server, however at least from our side, we will have a relatively strong infrastructure.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Is there anything known on a timeframe or anything we can do to help ?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">--</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Christophe</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F">................................................................................</span></b><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Dipl.-Ing. Christophe TREFOIS</span></b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F"><br>
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">PhD Student</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><i><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Ing. Sys. Com. Dipl. EPF</span></i><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
<image001.jpg></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:6.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Luxembourg Centre for Systems Biomedicine</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">UNIVERSITY OF LUXEMBOURG</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
</span><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">CAMPUS LIMPERTSBERG<br>
162a, avenue de la Faïencerie<br>
L-1511 Luxembourg</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">T +352 46 66 44 6124<br>
F +352 46 66 44 6949<br>
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://www.uni.lu/" title="blocked::http://www.uni.lu/ http://www.uni.lu/"><span style="font-size:8.0pt;color:gray">www.lcsb.lu</span></a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div style="border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:initial">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:initial">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black"> </span></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black">Will
 Moore [<a href="mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk">mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk</a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Wednesday, August 03, 2011 5:09 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Christophe TREFOIS<br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] OME-TIF Batch Export</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Hi Christophe,<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">The limitation on exporting OME-TIFF is really just the processing required on the server to generate the files, since this requires a lot of database traversing and moving data around. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">We are currently experimenting with adding OME-TIFF support to the Batch_Image_Export script.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">This should address the functionality you want, but it will need some assessment to see how the server holds up when batch exporting large numbers of images. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">The other issue is that the script currently runs on Datasets of images (or Images identified by ID), but you'd presumably want to specify a Plate of Images?<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">  <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">  Will.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">On 3 Aug 2011, at 16:00, Christophe TREFOIS wrote:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Dear Ome’s (is that correct?),</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">I read on some forums that there is no batch export for OME-TIF and I also only found a batch export for PNG or JPG.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Is there a specific reason for that?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">More specifically, does anyone of you have any experience with this?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">We would like to use OMERO with HCS data (Opera). Mass Import AND Export therefor becomes a necessity.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Thanks for any help,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">--</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Christophe</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#7F7F7F">................................................................................</span></b><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><b><span style="font-size:10.0pt;color:gray">Dipl.-Ing. Christophe TREFOIS</span></b><span style="font-size:9.0pt;color:#7F7F7F"><br>
</span><span style="font-size:9.0pt;color:gray">PhD Student</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><i><span style="font-size:9.0pt;color:gray">Ing. Sys. Com. Dipl. EPF</span></i><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:9.0pt;color:gray"><br>
<image001.jpg></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:6.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">Luxembourg Centre for Systems Biomedicine</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">UNIVERSITY OF LUXEMBOURG</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray"><br>
</span><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">CAMPUS LIMPERTSBERG<br>
162a, avenue de la Faïencerie<br>
L-1511 Luxembourg</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:3.0pt"><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:gray">T +352 46 66 44 6124<br>
F +352 46 66 44 6949<br>
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><a href="http://www.uni.lu/" title="blocked::http://www.uni.lu/ http://www.uni.lu/"><span style="font-size:8.0pt;color:gray">www.lcsb.lu</span></a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">William Moore</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Wellcome Trust Centre for Gene Regulation & Expression</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">College of Life Sciences</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">MSI/WTB/JBC Complex</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">University of Dundee</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dow Street</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dundee  DD1 5EH</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">United Kingdom</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Phone 01382 386364</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><a href="http://openmicroscopy.org">http://openmicroscopy.org</a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">William Moore</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Wellcome Trust Centre for Gene Regulation & Expression</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">College of Life Sciences</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">MSI/WTB/JBC Complex</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">University of Dundee</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dow Street</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dundee  DD1 5EH</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">United Kingdom</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Phone 01382 386364</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><a href="http://openmicroscopy.org">http://openmicroscopy.org</a></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">William Moore<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Wellcome Trust Centre for Gene Regulation & Expression<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">College of Life Sciences<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">MSI/WTB/JBC Complex<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">University of Dundee<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dow Street<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Dundee  DD1 5EH<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">United Kingdom<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black">Phone 01382 386364<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><a href="http://openmicroscopy.org">http://openmicroscopy.org</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>