<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>I think the easiest solution at the moment would be to export the data you want as TIFF or OME-TIFF (the plain TIFF from Volocity includes metadata that I believe Bioformats can read). You can export multiple datasets from Volocity in one go by selecting them all and choosing File -> Export...</div><div><br></div><div>The Volocity library format isn't so easy to share unfortunately - much of it is streamed C++ objects and plain binary image data, and sadly we never really designed it with reading by third parties in mind. </div><div><br></div><div>Melissa - I do have some thoughts on how we might be able to add some "niceness" in the .mvd2 file (which is a Metakit database) to make it easier to interpret everything else, or create a reader SDK if there is strong demand from the community. Please feel free to contact me if you would like a chat about this.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Steve</div><div><br><div><div>On 9 Dec 2010, at 15:38, Melissa Linkert wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
<div>
<!-- Converted from text/plain format --><p><font size="2">Hi Alex,<br>
<br>
We are planning to add support for Volocity database files in Bio-Formats in<br>
the not-too-distant future.  For further information, please see this ticket on<br>
our issue tracking system:<br>
<br>
<a href="http://dev.loci.wisc.edu/trac/software/ticket/55">http://dev.loci.wisc.edu/trac/software/ticket/55</a><br>
<br>
If you would like to be automatically notified whenever we update that<br>
ticket, just let me know and I will happily CC you.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<br>
On Thu, Dec 09, 2010 at 03:29:59PM +0000, Alexander Tournier wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> we are currently testing OMERO for deployment at Cancer Research UK<br>
> in London.<br>
> One of the file formats we use regularly is Volocity (currently 5.3)<br>
> coming out of Perkin-Elmer spinning disk microscopes.<br>
> The current bioformats don't seem to be able to handle Volocity<br>
> files/databases.<br>
><br>
> Anybody knows how to handle Volocity formats for import into OMERO?<br>
> Are there plans for these formats to be supported by bioformats?<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Alex<br>
><br>
><br>
> This communication is from Cancer Research UK. Our website is at <a href="http://www.cancerresearchuk.org">www.cancerresearchuk.org</a>. We are a registered charity in England and Wales (1089464) and in Scotland (SC041666) and a company limited by guarantee registered in England and Wales under number 4325234. Our registered address is Angel Building, 407 St John Street, London, EC1V 4AD. Our central telephone number is 020 7242 0200.<br>
><br>
> This communication and any attachments contain information which is confidential and may also be privileged.   It is for the exclusive use of the intended recipient(s).  If you are not the intended recipient(s) please note that any form of disclosure, distribution, copying or use of this communication or the information in it or in any attachments is strictly prohibited and may be unlawful.  If you have received this communication in error, please notify the sender and delete the email and destroy any copies of it.<br>
><br>
> E-mail communications cannot be guaranteed to be secure or error free, as information could be intercepted, corrupted, amended, lost, destroyed, arrive late or incomplete, or contain viruses.  We do not accept liability for any such matters or their consequences.  Anyone who communicates with us by e-mail is taken to accept the risks in doing so.<br>
> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</font>
</p>

</div>
</blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(54, 54, 54); font-family: 'Arial Narrow'; font-size: 10px; font-weight: bold; "><br class="Apple-interchange-newline"><hr size="0.0001pt" color="#999999" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-weight: normal; font-size: medium; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(54, 54, 54); font-weight: normal; "><b>Steve Baxter | R&D Leader, PerkinElmer Coventry</b></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(33, 101, 168); font-weight: normal; ">PerkinElmer | For the Better<span class="Apple-tab-span"></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(54, 54, 54); font-weight: normal; "><a href="mailto:steve.baxter@perkinelmer.com">steve.baxter@perkinelmer.com</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(54, 54, 54); font-weight: normal; ">Phone:  +44 2476 698115</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(54, 54, 54); font-weight: normal; ">Viscount Centre 2, Millburn Hill Rd, Coventry, CV4 7HS, UK</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(33, 101, 168); font-weight: normal; "><a href="http://www.perkinelmer.com">www.perkinelmer.com</a></div><hr size="0.0001pt" color="#999999" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Times; font-weight: normal; font-size: medium; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(94, 94, 95); font-weight: normal; "><b>Please consider the environment before printing this e-mail.</b></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10pt; font-family: 'Arial Narrow', sans-serif; color: rgb(94, 94, 95); font-weight: normal; ">This e-mail message and any attachments are confidential and proprietary to PerkinElmer, Inc.  If you are not the intended recipient of this message, please inform the sender by replying to this email or sending a message to the sender and destroy the message and any attachments.  Thank you.</div><div><br></div></span></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>