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-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Dear Will and Jason,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Thanks for your feedback. I am posting my question to the
confocal  lists right away. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Jason, I guess we simply don’t have a community that can make
pressure on vendors. I am afraid most buyers do not care much about file
formats and the like as long as the optics are good.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>a2<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> ---------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Dr. Aaron C. Ponti<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Facility for Advanced Microscopy and Imaging<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Software development<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Maulbeerstrasse 66 CH-4058, Basel<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| WRO-1066.2.16<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Tel: +41 61 696 3513<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| Fax: +41 61 697 3976<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>| http://www.fmi.ch/faim<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> ----------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Jason Swedlow
[mailto:jason@lifesci.dundee.ac.uk] <br>
<b>Sent:</b> Saturday, November 14, 2009 9:40 AM<br>
<b>To:</b> Ponti, Aaron<br>
<b>Cc:</b> ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk OME-Users<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-users] Stage positions from Zeiss LSM 710, Olympus
FluoView 1000, Leica SP/SP5<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Aaron-<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Just adding one comment.  From our contacts with Carl
Zeiss MicroImaging we've been informally told that there were no changes in the
LSM 710's file formats that we needed to know about.  However, these
formats are very complex, and something might have slipped by.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>As Will mentioned, the confocal list server might be a good
place to post this (this was the method we used some time ago).<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>OK, climbing on soapbox:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>The current situation-- arbitrary file formats, with
essentially any metadata in any format, and no definitive community
notification when things change-- will only change when customers condition
their purchases on this information being provided.  In an ideal world
(ok, a total pipe dream), our OME-XML and Bio-Formats developers would be
notified BEFORE new formats were released and provided specifications and
samples.  We're a long way from that, but can get there, with the
community's help.  If this community insists that this information will be
provided, we won't be having these problems anymore.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Stepping down.  Phew!<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Have a great weekend.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Cheers,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Jason<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>On 13 Nov 2009, at 17:28, Will Moore wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>Hi Aaron,<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>The key question is whether the stage position metadata is
actually stored in the file. If it is, then it should be possible for
BioFormats to identify the correct bit of metadata and store it in the OME data
model. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>We have been working at improving the amount of metadata
from these confocal formats that is used to populate the OME model. This takes
time to identify how to read the piece of metadata in the original file,
and how to map it into the OME model. However, we have so far been successful
for the various bits of metadata we've attempted so far. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>There are a couple of ways to determine whether the stage
position metadata is actually in the file:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Open the file in the proprietary software (Olympus, Zeiss,
Lecia) and see if it is displayed. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Or, open the file in ImageJ, using the BioFormats plugin and
look at the "Original Metadata". <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>I've tried these with a sample of the various formats you
mentioned, and I don't see that any of them have absolute stage positions.
(some examples below)<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>I'm not even sure that BioFormats is reading the Leica stage
positions properly. Haven't looked at this before. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>However, I don't have any LSM 710 files (LSM 510 only), and
it's also possible that newer versions of these microscopes might save this
data. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Some of these files seem to have places in the files for
this metadata, and it's also possible that the formats might expand to
accommodate stage metadata. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>You could try asking on the confocal lists <a
href="http://lists.umn.edu/cgi-bin/wa?A0=confocalmicroscopy">http://lists.umn.edu/cgi-bin/wa?A0=confocalmicroscopy</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>  Sorry I couldn't be more help,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>  Will. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Looking at the "original metadata" of a couple of
oib files, read by Bioformats (using the ImageJ plugin). NB. This is all the
"available" metadata currently read by BioFormats, only a subset of
this is used to populate the OME data model. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>This is the data available for each plane of the image,
shown for the first 2 planes of a Z stack.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : AS Level<span class=apple-tab-span>       </span>9999<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : AbsPositionUnitName<span class=apple-tab-span>           </span>mm<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : AbsPositionValue<span class=apple-tab-span>      </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Adjust Outward<span class=apple-tab-span>         </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Adjust Retrun<span class=apple-tab-span>            </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : AnalogPMTGain<span class=apple-tab-span>       </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : AnalogPMTOffset<span class=apple-tab-span>     </span>2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Confocal<span class=apple-tab-span>       </span>ON<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : CountingPMTGain<span class=apple-tab-span>     </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : CountingPMTOffset<span class=apple-tab-span>  </span>1.600000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : CountingPMTVoltage<span class=apple-tab-span>            </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : DataMax<span class=apple-tab-span>       </span>4095.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : DataMin<span class=apple-tab-span>        </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : DataName<span class=apple-tab-span>     </span>1h_after_pdt_C001Z001T001.tif<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : DataType<span class=apple-tab-span>      </span>WORD<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ExcitationOutPutLevel<span class=apple-tab-span>           </span>5<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : HeightConvertValue<span class=apple-tab-span>  </span>0.207<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : HeightUnit<span class=apple-tab-span>     </span>um<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ImageDepth<span class=apple-tab-span>   </span>2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ImageGroup<span class=apple-tab-span>  </span>Normal<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ImageHeight<span class=apple-tab-span>  </span>1024<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ImageType<span class=apple-tab-span>    </span>Intensity<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ImageWidth<span class=apple-tab-span>   </span>1024<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : LUTFileName<span class=apple-tab-span>           </span>LUT1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : LUTParameter<span class=apple-tab-span>          </span>530227280<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : LightControl<span class=apple-tab-span>  </span>9999<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Magnification<span class=apple-tab-span> </span>60.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Name<span class=apple-tab-span>            </span>COFAFrameImage<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Number<span class=apple-tab-span>         </span>1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ObjectiveLens NAValue<span class=apple-tab-span>        </span>1.35<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ObjectiveLens Name<span class=apple-tab-span> </span>UPLSAPO
 60X O  NA:1.35<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ObjectiveLens WDValue<span class=apple-tab-span>       </span>9999.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Observation Mode<span class=apple-tab-span>    </span>LSM<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PMTDetectingMode<span class=apple-tab-span>  </span>Analog<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PMTVoltage<span class=apple-tab-span> </span>830<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Pan Scale<span class=apple-tab-span>      </span>2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Path<span class=apple-tab-span>  </span>.\<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PinholeDiameter<span class=apple-tab-span>        </span>115000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PinholeScale<span class=apple-tab-span>  </span>1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PixConvertValue<span class=apple-tab-span>       </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : PixUnit<span class=apple-tab-span>          </span>Intensity<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ROIFileName<span class=apple-tab-span>            </span>530223744_9038484<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Resolution<span class=apple-tab-span>     </span>10.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : RotationValue<span class=apple-tab-span>            </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : RotationValue After Clip<span
class=apple-tab-span>        </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : RotationValue Before Clip<span
class=apple-tab-span>     </span>10<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : SamplingClock<span class=apple-tab-span>          </span>500000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ScanSpeed<span class=apple-tab-span>    </span>2.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Step<span class=apple-tab-span>  </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ValidBitCounts<span class=apple-tab-span>          </span>12<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Version<span class=apple-tab-span>         </span>1.0.0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : WidthConvertValue<span class=apple-tab-span>   </span>0.207<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : WidthUnit<span class=apple-tab-span>      </span>um<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : X Pinhole<span class=apple-tab-span>      </span>318<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : XPanValue<span class=apple-tab-span>    </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : Y Pinhole<span class=apple-tab-span>      </span>-570<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : YPanValue<span class=apple-tab-span>    </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 0 : ZoomValue<span class=apple-tab-span>   </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : AS Level<span class=apple-tab-span>       </span>9999<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : AbsPositionUnitName<span class=apple-tab-span>           </span>mm<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : AbsPositionValue<span class=apple-tab-span>      </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Adjust Outward<span class=apple-tab-span>         </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Adjust Retrun<span class=apple-tab-span>            </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : AnalogPMTGain<span class=apple-tab-span>       </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : AnalogPMTOffset<span class=apple-tab-span>     </span>3<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Confocal<span class=apple-tab-span>       </span>ON<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : CountingPMTGain<span class=apple-tab-span>     </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : CountingPMTOffset<span class=apple-tab-span>  </span>1.600000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : CountingPMTVoltage<span class=apple-tab-span>            </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : DataMax<span class=apple-tab-span>       </span>4095.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : DataMin<span class=apple-tab-span>        </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : DataName<span class=apple-tab-span>     </span>1h_after_pdt_C002Z001T001.tif<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : DataType<span class=apple-tab-span>      </span>WORD<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ExcitationOutPutLevel<span class=apple-tab-span>           </span>4<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : HeightConvertValue<span class=apple-tab-span>  </span>0.207<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : HeightUnit<span class=apple-tab-span>     </span>um<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ImageDepth<span class=apple-tab-span>   </span>2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ImageGroup<span class=apple-tab-span>  </span>Normal<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ImageHeight<span class=apple-tab-span>  </span>1024<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ImageType<span class=apple-tab-span>    </span>Intensity<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ImageWidth<span class=apple-tab-span>   </span>1024<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : LUTFileName<span class=apple-tab-span>           </span>LUT2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : LUTParameter<span class=apple-tab-span>          </span>530238208<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : LightControl<span class=apple-tab-span>  </span>9999<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Magnification<span class=apple-tab-span> </span>60.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Name<span class=apple-tab-span>            </span>COFAFrameImage<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Number<span class=apple-tab-span>         </span>1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ObjectiveLens NAValue<span class=apple-tab-span>        </span>1.35<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ObjectiveLens Name<span class=apple-tab-span> </span>UPLSAPO
 60X O  NA:1.35<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ObjectiveLens WDValue<span class=apple-tab-span>       </span>9999.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Observation Mode<span class=apple-tab-span>    </span>LSM<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PMTDetectingMode<span class=apple-tab-span>  </span>Analog<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PMTVoltage<span class=apple-tab-span> </span>700<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Pan Scale<span class=apple-tab-span>      </span>2<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Path<span class=apple-tab-span>  </span>.\<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PinholeDiameter<span class=apple-tab-span>        </span>115000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PinholeScale<span class=apple-tab-span>  </span>1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PixConvertValue<span class=apple-tab-span>       </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : PixUnit<span class=apple-tab-span>          </span>Intensity<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ROIFileName<span class=apple-tab-span>            </span>530223744_9038484<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Resolution<span class=apple-tab-span>     </span>10.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : RotationValue<span class=apple-tab-span>            </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : RotationValue After Clip<span
class=apple-tab-span>        </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : RotationValue Before Clip<span
class=apple-tab-span>     </span>10<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : SamplingClock<span class=apple-tab-span>          </span>500000<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ScanSpeed<span class=apple-tab-span>    </span>2.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Step<span class=apple-tab-span>  </span>0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ValidBitCounts<span class=apple-tab-span>          </span>12<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Version<span class=apple-tab-span>         </span>1.0.0.0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : WidthConvertValue<span class=apple-tab-span>   </span>0.207<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : WidthUnit<span class=apple-tab-span>      </span>um<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : X Pinhole<span class=apple-tab-span>      </span>318<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : XPanValue<span class=apple-tab-span>    </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : Y Pinhole<span class=apple-tab-span>      </span>-570<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : YPanValue<span class=apple-tab-span>    </span>0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Image 1 : ZoomValue<span class=apple-tab-span>   </span>1.0<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>It looks like there might be some parameters for storing
stage position (e.g. YPanValue) but they are not populated. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>I also don't see any stage position info displayed in the
Olympus software for this file, so I'm assuming that it is not stored. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>However, I don't have a file format specification to hand,
and it's also possible that newer microscopes might store this data. <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Looking at a couple of Leica LIF files, I see that the
metadata displayed by the software does not include stage position, but if I
look in the exported metadata, I can see StagePosX="0"
StagePosY="0" StagePosZ="0". So, the parameters exist in
the file but it is not written in this case. This may be because the microscope
that acquired this image was not fitted with a motorized stage? <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>On 13 Nov 2009, at 16:05, Ponti, Aaron wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>Hello<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>We are investigating the purchase of one of the following
confocals: Zeiss LSM 710, Olympus FluoView 1000, and Leica SP/SP5. One of the
criteria for the choice is the possibility to read stage positions from the
files (using the loci/ome-xml tools). With loci_tools 4.1 it seems that reading
the stage positions into the OME schema is supported for the Leica, but is not
for the other two. Can anybody confirm this? Does anybody know if stage
positions arestored at all in .lsm and .oib files?<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Thanks<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-converted-space> </span>---------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Dr. Aaron C. Ponti<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Facility for Advanced Microscopy and Imaging<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Software development<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Maulbeerstrasse 66 CH-4058, Basel<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| WRO-1066.2.16<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Tel: +41 61 696 3513<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| Fax: +41 61 697 3976<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>| <a href="http://www.fmi.ch/faim">http://www.fmi.ch/faim</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-converted-space> </span>----------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>_______________________________________________<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>ome-users mailing list<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><a
href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>William Moore<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>Division of Gene Regulation
and Expression<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>College of Life Sciences<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>University of Dundee<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>Scotland<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>DD1 5PH<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'><o:p> </o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt'>Tel 01382 386364<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p> </o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>**************************</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>Wellcome Trust Centre for Gene Regulation & Expression</span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>College of Life Sciences</span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";
color:black'>MSI/WTB/JBC Complex</span><span style='font-size:9.0pt;font-family:
"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>University of Dundee</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Dow Street</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Dundee  DD1 5EH</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>United Kingdom</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>phone (01382) 385819</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Intl phone:  44 1382
385819 </span></span><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>FAX   (01382)
388072 </span></span><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>email: <a
href="mailto:jason@lifesci.dundee.ac.uk">jason@lifesci.dundee.ac.uk</a></span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Lab Page: <a
href="http://gre.lifesci.dundee.ac.uk/staff/jason_swedlow.html">http://gre.lifesci.dundee.ac.uk/staff/jason_swedlow.html</a></span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Open Microscopy Environment: <a
href="http://openmicroscopy.org">http://openmicroscopy.org</a></span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:9.0pt;
font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>**************************</span></span><span
style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
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<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>The University of Dundee is a Scottish Registered Charity, No.
SC015096.<o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><br>
<br>
</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><o:p></o:p></span></p>

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<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

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