Hi Matt,<br><br>I hope you don't mind me CCing the OME list again, since your question is increasingly common.<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>Is the duplicated data stored as an OME-TIFF file or 
similar, or something like an IFD section of a TIFF file.</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span></span></font></div></div></blockquote><div><br>The data is stored in a binary format within the OMERO data repository folder (usually /OMERO/Files). This format is used because it is highly efficient to extract individual image planes on demand. The format is intended for OMERO server use only, not for data exchange.<br>

<br>Even if you did copy one of these binary files, it contains only the pixel data without the relevant metadata, since the metadata is stored in the OMERO database itself (e.g., PostgreSQL).<br><br>Conversely, the OME-TIFF format is specifically intended as a data interchange format that maximizes compatibility with external software packages.<br>

<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>My reason for asking is this... If we reach a point 
where the acquired image format is standard and most of the image analysis 
software uses this standard (e.g. OME-TIFF).  How do I get my data out of 
OMERO to the OME-TIFF compliant software?  a) write OME-TIFF file from 
pixel data and database records (metadata) or b) have server copy files or send 
reference to those files</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span></span></font></div></div></blockquote><div><br>It is a planned feature for OMERO to offer an OME-TIFF export feature. As Chris Allan recently mentioned, the internal logic necessary for this feature is already in place, and it is now just a matter of us "hooking it up." As such, you should definitely see the ability to export to OME-TIFF appear later this summer or fall, if not sooner.<br>

<br>Another option is to use software capable of direct communication with OMERO. For example, the OMERO team has recently completed a preliminary plugin for ImageJ to do this, which we are just polishing up now.<br><br>
HTH,<br>
Curtis<br></div></div><br>On Tue, May 12, 2009 at 3:35 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:Matthew.Smicker@sanofi-aventis.com">Matthew.Smicker@sanofi-aventis.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





<div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>Hi Curtis,</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>Is the duplicated data stored as an OME-TIFF file or 
similar, or something like an IFD section of a TIFF file.</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span></span></font> </div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>My reason for asking is this... If we reach a point 
where the acquired image format is standard and most of the image analysis 
software uses this standard (e.g. OME-TIFF).  How do I get my data out of 
OMERO to the OME-TIFF compliant software?  a) write OME-TIFF file from 
pixel data and database records (metadata) or b) have server copy files or send 
reference to those files</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span></span></font> </div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span>Matt</span></font></div>
<div dir="ltr" align="left"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"><span></span></font></div></div></blockquote></div><br>