Hi Guenter,<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">I am just starting to implement OME-TIFF/XML storage of files obtained from<br>

a new microscope. I did not check yet if there is some overlap between TIFF<br>
tags and OME-TIFF (XML moiety) tags (OME scheme).<br>
<br>
Is there some overlap? If yes, is there a comparison list of general and of<br>
microscopy-related TIFF tags and OME-TIFF tags  (stored in the XML header)<br>
available?<br>
</blockquote></div><br>Since TIFF is a very general image format, there is not much overlap aside from core metadata fields:<br><br>TIFF ImageWidth = OME Pixels SizeX<br>TIFF ImageLength = OME Pixels SizeY<br>TIFF endianness signature (II / MM) = OME Pixels LittleEndian<br>
TIFF SamplesPerPixel = OME Pixels SizeC (mostly)<br>TIFF number of IFDs = OME Pixels SizeT<br>TIFF BitsPerSample maps to OME Pixels PixelType<br>TIFF DateTime = OME Image CreationDate<br>TIFF XResolution = OME Pixels PhysicalSizeX<br>
TIFF YResolution = OME Pixels PhysicalSizeY<br>
TIFF ImageDescription = OME Image Description<br><br>You can see these expressed in code in the Bio-Formats base TIFF reader's initMetadataStore() method:<br>  <a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/browser/trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BaseTiffReader.java#L490">https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/browser/trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BaseTiffReader.java#L490</a><br>
<br>I am not sure what you mean by "microscopy-related TIFF tags." There are many proprietary microscopy-specific variants of TIFF (e.g.: Flex, Olympus Fluoview, Molecular Dynamics GEL, Imaris, Improvision, Metamorph, Nikon, Image-Pro Sequence, SVS, Zeiss LSM) that contain extra information, but these are not OME-TIFFs. However, Bio-Formats parses each format's proprietary metadata and converts what it can into OME-XML.<br>
<br>For a full list of supported OME metadata fields in each file format, see the big table on the Bio-Formats web site:<br>  <a href="http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html">http://www.loci.wisc.edu/ome/formats.html</a><br>
<br>For example, if you mouse over the entry for TIFF, at the bottom of the pop-up you will see a link to "Supported metadata fields":<br>  <a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/wiki/TiffReader">https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/wiki/TiffReader</a><br>
<br>-Curtis<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 11, 2009 at 12:28 PM, Guenter Giese <span dir="ltr"><<a href="mailto:Guenter.Giese@mpimf-heidelberg.mpg.de">Guenter.Giese@mpimf-heidelberg.mpg.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear list members,<br>
<br>
I am just starting to implement OME-TIFF/XML storage of files obtained from<br>
a new microscope. I did not check yet if there is some overlap between TIFF<br>
tags and OME-TIFF (XML moiety) tags (OME scheme).<br>
<br>
Is there some overlap? If yes, is there a comparison list of general and of<br>
microscopy-related TIFF tags and OME-TIFF tags  (stored in the XML header)<br>
available?<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Guenter<br>
<br>
------------------------------------------<br>
Dr. Guenter Giese<br>
Light Microscopy Facility Manager<br>
Dept. of Biomedical Optics<br>
MPI fuer Medizinische Forschung Jahnstr. 29<br>
D-69120 Heidelberg, Germany<br>
Phone (+49) 6221-486-360 (Fax: -325)<br>
e-mail: <a href="mailto:guenter.giese@mpimf-heidelberg.mpg.de">guenter.giese@mpimf-heidelberg.mpg.de</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br>